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nlme にデータを当てはめると、最初の試行ではうまくいきませんnlme(fit.model)。

だから私は戻って

1) x 軸の単位を変更します (例: 年から日、または日から成長度日)。

2) データセットで ax=0, y=0 の測定を行う

3)追加random=pdDiag()

4) ランダムなものと固定のものをいじる

5) データセットを切り刻み、異なる部分を異なる時間に適合させようとする

6) 非常に単純な適合を達成しupdate、モデルを適切にするために使用します

最終的に何かがうまくいくようです。他の誰かがこのリストに追加するものを持っていますか? nlme でデータを処理するには何が役立ちますか?

この質問はおそらくクローズされると思いますが、SOに受け入れられるように言い換える方法について提案があれば、ご意見をいただければ幸いです。

これは、これらのことのいくつかを試しましたが、これまでのところ成功していない例です。

データ: https://www.dropbox.com/s/4inldx7617fip01/proots.csv . これはすでにセット全体のほんの一部です。

コード：

曲線の関数 (SSbgf) は次のとおりです。

私はR次のような非線形モデルを扱ってきました。

そして、ベルヌーイ変数がAlpha1*timeand 切片に影響するかどうかを並べます。そのようなベルヌーイ変数は次のようになります。

持つ

がこのモデルに適合することがわかりましたが、このカテゴリ変数の効果がなければ、パッケージは非線形モデルの項ではなく変数に対する効果を推定できることnlsもわかりました。nlme私の質問は次のとおりです。これらのパッケージのどれが私を助けることができますか? そして、このベルヌーイ変数をコードに追加するにはどうすればよいでしょうか? よろしくお願いします。

nlme()を使用してモデルをフィッティングしましたpackage nlme。

ここで、パラメーターの不確実性を考慮して、いくつかの予測区間をシミュレートしたいと考えています。

この目的のために、固定効果の分散行列を抽出する必要があります。

私が知る限り、これを行うには2つの方法があります。

と

これら 2 つは同じ行列を与えます。

しかし、調べてみると

これは、報告された Std Error と同じではありません。summary(fit)

これら2つが同じであると期待するのは間違っていますか?

編集：これはコード例です

lme4 を使用するときに R でコントラストを実行する最も効率的な方法を探しています。私は本当に信頼している統計コンサルタントと協力しており、彼女は私に次のコードを提供してくれました。私は6回の治療の間にコントラストを持っており、これらのコントラストを6年間実行しています. だから私は90のコントラストを書き出すことになります. ここで、別の要素 (サンプリング深度) をモデルに含めようとしています。これにより、450 のコントラストが作成されます。

もっと良い方法があるはずですか？

私はRでコントラストを実行する方法を読んできましたが、lme4. nlme私にとってもうまくいくでしょうが、それがコントラストでどのように機能するかは私には明らかではありません.

ここに私のデータがあります：

https://www.dropbox.com/s/2ho6phfxhz6xlsy/Root%20biomass%2C%20whole%20core.csv

以下は、1 年間だけの最も単純な形式のコードです。

nlme パッケージの gls() を使用して、mod1 をランダム効果なしでビルドできます。次に、AIC を使用して mod1 を、ランダム効果を含む lme() を使用して構築された mod2 と比較できます。

lme4 パッケージの gls() に似たものはありますか?これにより、ランダム効果なしで mod3 をビルドし、ランダム効果を含む lmer() を使用してビルドされた mod4 と比較できますか?

r で nlme パッケージを使用して、マルチレベルの線形モデルを実行しようとしていました。

6 つの異なる場所 (州) について、60 年間の応答変数として収量、予測変数として降水量を使用しています。私は、降雨がすべての場所で収量に同じレベルの影響を与えるのか、それとも異なる影響を与えるのかを確認しようとしています. 原則として、降水量と降水量の勾配が場所によって大きく異なるかどうかを確認しようとしています。したがって、降雨は私のランダム効果です。私は次のようにモデルを構築しました：

これはすべて正常に機能しています。別の予測変数 (カウント データ) を使用して同じ分析を行うと、問題が発生します。

mdl 6 を実行すると、エラーが表示されます

なぜこれが起こっているのか、まったくわかりません。私の最初の予測子ではすべてうまくいきましたが、これは別の予測子では機能しません。ここで何が間違っていますか？これについてオンラインで読んでみましたが、投稿はあまり明確ではありません。これについて教えてくれる人に本当に感謝します。ありがとう