問題タブ [pandoc-citeproc]

目標: URL を使用して、YAML フロント マター内のドキュメントを指定することができます。要素cslに対しても同じことができるようにしたいと考えています。bibliography

質問:これは可能ですか?

動機:作業ディレクトリ内のファイルへの直接リンクとは対照的に、これらの要素に URL を使用すると、更新時に 1 つの中央の場所に簡単に同期できる公開ファイル.cslとファイルを組み込むことで、ドキュメント レンダリング ワークフローの再現性が向上します (警告.bib: 複製者がインターネットに接続している限り)。

最適ではない代替案:.bibおよびファイルを作業ディレクトリに含めて、.cslそれらがプロジェクトにバンドルされたままになるようにすることもできます。その後、オフラインでも利用できます。このアプローチには 2 つの欠点があります。

1. .bibこれにより、コンピューター上にとファイルの多数のコピーが.csl作成されます (レンダリングするドキュメントがあるプロジェクトごとに 1 つのコピー)。
2. ファイルは参照マネージャーを介して自動的に生成される.bibため、参照マネージャーと.bibファイル間の同期を壊さずに (異なるプロジェクトの) 複数の場所に配置することはできません。

デモンストレーション：

csl要素の URL を使用した実際の例を次に示します (ecology.csl公式の Citation Style Language GitHub リポジトリから直接取得したファイル:

reprex_library.bib

reprex_paper_bib-direct_csl-link.Rmd

次の出力で成功します。

.cslファイルへの URL を含む正常にレンダリングされた PDF の画像

これは、私の Dropbox に格納されてbibliographyいる同じファイルへのパブリック Web リンクで要素を埋めようとしている、機能しない例です。reprex_library.bib

reprex_paper_bib-link_csl-link.Rmd

この出力で壊れる：

これは私のRセッション情報です：

これがバグなのか意図した動作なのかはわかりません。それが意図されている場合、その理由はわかりません。どんな助けでも大歓迎です！

編集：

さらに読むと、おそらくこれは、pandoc-citeprocを使用して編成プロセス中に呼び出される意図された動作です。--filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc

pandoc-citeprocマニュアルによると、YAML 要素は意図的に「CSL スタイル ファイルのパスまたは URL」にすることが許可されているようですが、要素cslはbibliography「使用する書誌ファイルのパスまたはパスの YAML リスト」にしかできません。

ワークフローのこれらの部分に関連していることが判明した場合に備えて、この質問に pandoc および pandoc-citeproc タグを追加しました。

初めてR Markdownを使って論文を書いています。これが私のYAMLオプションです

初めて論文を引用すると、すべての著者が表示されません。たとえば[e.g., @maei2009]、その論文を最初に引用したときは表示する必要があります (eg, Maei, Zaslavsky, & Wang 2009) が、代わりに表示されます (eg, Maei et al. 2009)。おそらくばかげているかもしれませんが、私はR Markdownに本当に慣れていないので、どこで答えを探すべきかさえわかりません(試したにもかかわらず)。

これをどのように修正するかについての回答または参照は非常に役立ちます。

ありがとうございました！

そのため、最近、Linux用のWindowsシステム（WSL）でpandocを使用してPDFを生成し始めました。pandoc-citeproc が図の適切なテキスト内参照を作成できないという奇妙な問題に遭遇しました。pandoc-citeproc: reference fig:figure5a not found

マークダウン内で、次を使用して画像を記述します。

次を使用して画像を参照します。

何が起こっているかについて誰かアドバイスをもらえますか？wslの代わりにubuntu osを介してpandocが呼び出されたときに機能します。また、pandoc は v2.7、pandoc-citeproc は v0.16.1.1 です。