問題タブ [petsc]

3.3 では、GPU で SNES の PETC のみを使用して FEM を解く例として、大きなニュースがありました。私は PETSc を初めて使用し、問題があります。3D 空間で球を作成し、それに力を加える必要があるため、3D FEM が必要です (GPU で可能であれば、私の場合は MPI は必要ありません)。しかし、彼らが提供する簡単な例を見ると、少し怖くなります。

それはきれいで読みやすい C のようなコードです...

しかし、弾丸 phisix\gamedev backgrownd から来ているので、それを読むと頭が痛くなります。寸法が設定されている場所、メッシュが作成されている場所、力が適用されている場所の 3 つの主なものが表示されないからです。

では、PETSc SNES で 3D FEM ソルバーをセットアップする方法を説明してもらえますか (寸法のセットアップ、メッシュの供給、力の適用、結果の解釈の方法を強調)。

かなり初歩的な質問ですが、今は本当に迷っています。私は PETSc から始めていますが、コードのコンパイルに問題があります。独自の Makefile を使用しようとしていますが、コンパイラは「未定義の参照」エラーを叫び続けます。私は数時間自分でそれを理解しようとしましたが、間違いがわかりません。そのため、間違いを認識していただける場合は、ご協力をお願いいたします。

これはエラーメッセージ全体です：

これは私の .c ファイルです。まだ完成していません。ただのテストです。

ここに私のメイクファイルがあります:

$PETSC_DIR/includeには${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/include、petsc ヘッダー (.h) ファイルが配置されています。

システム変数の値は次のとおりです。

そして、これは私の LD_LIBRARY_PATH フォルダーの構造です:

PETSc ライブラリを使用したドメイン分解の経験がある人はいますか? C++ コード内でベクトルと行列を作成するために PETSc を使用しました。また、KSP を使用して線形システムを解きました。PETSc の DD について学ぶために次の例を使用しましたが、役に立ちませんでした。

http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-3.5/src/snes/examples/tutorials/ex10d/ex10.c.html http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-3.2 /src/snes/examples/tutorials/ex12.c.html http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/snes/examples/tutorials/ex62.c.html </p>

PETSc でグラフの分割とドメイン分割を行う方法についてヒントをいただければ幸いです。

PETSc で LU 分解アプリをプログラムしようとしています。私の考えは、プログラムが因数分解されていない行列を出力し、次に因数分解された行列を出力し、因数分解自体にかかった時間をカウントするというものでした。

インターネットで見つけたほとんどの情報に従ってコードを作成しました (この投稿の情報を使用してマトリックスを初期化しました) が、残念ながらそれだけでは十分ではありません。コードはコンパイルされますが、実行しようとすると、次のエラーが表示されます。

このエラーは、インプレース LU 因数分解に使用したいMatLUFactor関数が原因です。問題は、私にはわかりませんが、コードの何が問題なのかということです。おそらく割り当てが悪いために、中心的な問題は行列変数自体にあると思いますが（私は MatMPIAIJSetPreallocation 関数について考えています）、よくわかりません。

MatLUFactor 関数をMatLUFactorNumericおよびMatLUFactorSymbolicに置き換えようとしましたが、MatLUFactor よりもさらにうまく機能しません。エラーははるかに「大きい」:-)

最後に、次のコマンドでプログラムを起動してみます。

ですから、何か解決策をご存知でしたら、よろしくお願いします;-) ありがとうございます!

追伸: 私はかなり長い間可能な解決策を探していました.これまでに見つけた最も近い記事はこのメールリストでしたが、質問者は私が知る限り、私が使用していない ParMETIS および SuperLU パッケージを使用しています.

これは私のソースコードです:

これは、MatLUFactorNumeric および MatLUFactorSymbolic 関数を使用した場合のエラーです。

私はPETScを使用していて、次のようなことをしたかったのですが、

私はできることを知っています：

これらすべてを一度に行う機能があるかどうか、私はちょうど興味がありました. ループを節約するようです。

そのような機能は存在しますか？

私は何年もの間、Trilinos LOCA (c++) で疑似弧長連続、非線形ソルバーのユーザーでしたが、最近、python パッケージ petsc4py に出くわしました。これにより、速度がわずかに低下するためのプログラミングが大幅に簡素化されました。

petsc4py で唯一欠けているクラスは、疑似アークレングス継続ソルバーです。PETSC には疑似時間ステッパー ソルバーがありますが、ターニング ポイントがアルゴリズムを分解するので、これはほとんど役に立ちません。

Trilinos LOCA には PETSC のラッパーがありますが、c や c++ ではなく Python (petsc4py から) で問題が指定されているソリューションを探していました。

したがって、petsc4py で記述された、または petsc4py から呼び出し可能で、疑似弧長継続を実装するクラスを探しています。

どうもありがとうございました。

petscOSX 10.10.1に自作でインストールしようとしました：

1 つの依存関係をインストールすると、1 つのエラーが発生します。

hypreということでhomebrewでインストールしてみました

エラーは発生しませんでした ==> 概要 /usr/local/Cellar/hypre/2.9.0b_1: 48 個のファイル、4.5M

最後に、petsc数式を変更して、この行をコメントアウトしました

インストールできるようpetscになりましたが、動作しません

この質問がここに属しているかどうかはわかりません。しかし、浮動小数点エラーがあると言って、PETSc のコードに問題があります。これは、以下のリンクで説明されている問題に似ています。

http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2012-November/015858.html https://www.mail-archive.com/petsc-users@mcs.anl.gov/msg22930.html

それらのスレッドの一部の人々は、「fp_trap」を使用するように言っただけです。しかし、どこに入力すればよいのでしょうか。gdb と valgrind に入り、「fp_trap」と入力しようとしましたが、機能しません