問題タブ [petsc]

コードに KiFMM と PETSc を使用しています。シリアル バージョンでは問題はありませんでしたが、2 つのノードで MPI を使用しようとすると でエラーが発生(*trgPos)(j,i)しDblNumMatます 。 /kifmm3d/documentation/common/html/nummat_8hpp_18ed51e81f911a23442591467d7a83ca.html .

gdb からのバックトレースはこれを示しています:

なぜこれが起こっているのか、そして私に何ができるのか誰にも分かりますか?

PETSC を使い始めたばかりで、matView を使用して行列をプロットしようとしています。私のコードは次のようなものです:

このようにMatViewを使用すると：

行のリストが表示されます。しかし、私はそれを

何も起こりません。

リストでさえも、ネット構造について何も見ることができません。

サンプルを実行しようとしましたが、まったく機能しません。また、PETSC の文書は事態を悪化させるだけです。誰かが私を助けることができますか？行のリストではなく、マトリックスを（グラフィカルに）見たいと思います。

コメントからの詳細なコンテキスト:

• X ウィンドウは正常に機能しています -- 、 、 などで確認できgvimましxlogoたxeyes。
• --with-xのオプションを使用して、ライブラリが再構築されましたconfigure。それでも何も表示されません。

この構成を使用して PESTC をコンパイルしようとしました。

しかし、petsc を使用するライブラリをコンパイルすると、すべての petsc ライブラリをリンクしたにもかかわらず、実行時に : のエラーが発生undefined symbol: _Z10VecGetSizeP6_p_VecPiし、インターネットで検索した後、いくつかの .so に遭遇したため、petsc がビルドされず、ライブラリがlibpetscvec.soorのようになりlibpetscsnes.soました。

.modまた、これらの生成されていないライブラリと同じ名前のものがいくつか生成されることもわかりました（例： /tmp/petsc-3.3-p7/arch-linux2-c-debug/include/petscsnes.mod）。

そのため、ライブラリにモジュールを提供しないようにコンパイラに指示するフラグが欠落しているのか、それとも外部パッケージに含まれているのか、--download-SOMEPACKAGE.

で.so生成されるライブラリは次の$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/libとおりです。

PETSC を使用して作成したプログラムを複数のスレッドで実行するにはどうすればよい./mpiexec -n <>ですか?

たぶん、MPIを個別に初期化する必要がありますか? この場合にMPIを初期化する方法の例への参照を得ることができますか?PetscInitialize()

ありがとう！

PETSc では、VecCreateGhost() または VecMPISetGhost() 関数のおかげで、ベクターがゴースト値を保持できることを知っています。ゴーストラインを含むマトリックスを作成する同様の機能があるかどうかは誰にもわかりませんか? ありがとう、ミリアム

の構造化グリッドに有限差分問題がPETScあり、DMコンテキストを使用すると、マトリックスを非常に簡単に作成できます。DMこの参照システムを使用しているため、長方形ドメインのマトリックス全体が得られますが、形状が不規則です私の問題では、このマトリックスで多くのエントリを使用していないことを意味します。KSP行列の組み立てでこのスペースを割り当てず、このエントリを使用して問題を解決しないようにコンテキストに伝えるにはどうすればよいですか?

私のコードは次のようなものです：

グローバル変数を保持するモジュールがあります。いくつかのグローバル変数を宣言するには、HDF5 を使用する必要があります。ライブラリも使用しているため、ヘッダー ファイルも含める必要があります。したがって、global_variable.F90 のプリアンブルは次のようになります。

Vecはヘッダー ファイルで定義されているデータ型で、HID_Tは HDF5 モジュールで定義されているデータ型です。

これで、I/O 用のサブルーチンを保持するファイルができました。このファイルも HDF5 を使用し、global_variables.F90 で使用されているのと同じライブラリーを使用します。したがって、IO.F90 は次のようになります。

質問 1:コンパイラは、IO.F90 をコンパイルすると、Vecが未定義のデータ型であるというエラーを返します。しかし、 HID_Tについては文句を言いません。global_variables モジュールには既に HDF5 モジュールとヘッダー ファイルの両方が含まれていると思いました。IO.F90 で global_variables モジュールを使用すると、すべてのデータ型宣言が処理されますが、そうではないようです。私が間違っていることを理解するのを手伝ってもらえますか？

質問 2: #include の効果を、それが宣言されているモジュールに制限する方法はありますか?

PS。Vec#include "finclude/petscvec.h"を宣言する IO.F90にインクルードすると、うまくコンパイルされます。

私は PETSc での申請がうまく終了しませんでした。Valgrind で何が起こっているかを確認しましたが、そのレポートがわかりません:

tsresil.c:525 (PETSc での私の実装):

inherit.c で:

PetscObject は次へのポインタです。

したがって、問題は の割り当てに関連しているようですが、char* descr理由はわかりません。サイズ 8 は、ポインターが間違っていることを通知しますか?