問題タブ [princomp]

大規模なデータセットの相関行列を表すデータフレームがあります。

{stats} で princomp() を使用して主成分分析を行いたいのですが、利用可能なドキュメントを読んでみました。

しかし、これは、最後の引数を中断したときと何ら変わりはありません。princomp() パラメータを使用する正しい方法についてアドバイスしてください。

少し問題があります。PCA バイプロットの上と右の軸 (その軸の名前はわかりません、申し訳ありません) を削除したいのですが、その方法がわかりません。

それを取り除く方法はありますか？

bty=1左軸と下軸のみを持つように機能することを読みましたが、機能しません。

私はそれを別々に使ってみました：

そのコマンドの使い方がわかりません。それとも、上軸と右軸を削除するコマンドなのかわかりません。

私は、4 つの集団、4 つの処理、および 3 つの複製からの個人のデータセットを持っています。各個人は、1 つの集団、治療、複製の組み合わせのみに属します。私は各個人から 4 つの測定値を取得しました。各母集団、基質、複製の組み合わせについて、これらの測定値について PCA を実行したいと思います。

すべての個人に対して PCA を実行する方法を認識しており、集団、基質、および複製の組み合わせごとにデータセットを複数のデータセットに分割し、新しいデータセットごとに PCA を実行できます。

完全なデータセットに対して PCA を実行し、集団、基質、複製の組み合わせごとに個別の PC1、PC2... の結果を最も効率的に取得するにはどうすればよいですか? データセットをリストに変換することを考えていますが、princomp 関数をリストに適用する方法がわかりません。私は正しい軌道に乗っていますか？

サンプルデータ：

以前に 2D 配列で PCA を使用したことがあり、分析で他のすべての列の分散を最もよく表す最初の PC スコア ベクトルを使用しました。以下は、対象の 2D 配列の分散を最もよく表す Comp.1 ベクトルを示す R の例です。

私の質問は、3D アレイでこれと同じ手順を実行するにはどうすればよいですか? たとえば、サイズが 4 x 5 x 3 の配列がある場合、上記の Comp.1 ベクトルに相当する 4 x 5 の 2D 配列を取得するにはどうすればよいでしょうか?

コードと出力を含む R の例を以下に示します。スコアを見ると、コンポーネントは 1 つしか出力されず (予想どおり 3 ではありません)、長さは 60 です。これは、最初の 20 要素が最初の PC に対応し、次の 20 要素が 2 番目の PC に対応し、最後の 20 要素が対応することを意味しますか? 3番目のPCに？その場合、princomp はエントリをどのように配置するので、最初の 20 要素 (1 番目の PC) を使用して元の 4 x 5 2D 配列に戻ることができますか? ご協力いただきありがとうございます。

いくつかの環境データ (climond) を使用して、35 ラスターで PCA を実行していました。すべて正常に動作し、R でこのコマンドを使用して、ラスター スタックで PCA を実行します。

すべてのラスターは問題ないように見えますが、各コンポーネントはまったく同じ比率の分散 (0.029) を説明しているため、最終的に合計すると 1 になります。最初の 3 つの pca などの結果に慣れているので、私にとっては少し奇妙です。軸は分散の 50% を説明し、残りのコンポーネントは分散の説明をますます少なくしています。私の結果は正しいですか、それともprinccompを変更する必要がありますか? それは次のようになります。

ただし、固有値 (またはここでは標準偏差) は減少しています。

関連する質問であることを願っています！答えてくれてありがとう。

これは非常に基本的なものでなければならず、誰かが私を助けてくれることを願っています. 次の呼び出しで主成分分析を実行しました。

要約 pca は次の説明を返します。

各 PC によって説明された分散を示す 2 行目を見てください。スクリプトで変数 pca からこのベクトルをプログラムで抽出するにはどうすればよいですか。十分な検索を行いましたが、答えが見つかりません。