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python-2.7 - python2.7 での python パッケージのアップグレード
私はpythonが初めてです。パッケージ「pysam_0.8.4」を実行する必要があるpython2.7でpythonスクリプト（riboplot）を実行する必要があります。私のpython2.7で、バージョンを確認したところ
それは私に示した'0.7.5'。しかし、私のpython3.4では、それは表示されてい'0.8.4'ます。pysam0.8.4スクリプトを実行するために python2.7 を使用するように設定する方法。よろしくお願いします。前もって感謝します
python - Samtools を使用して「配置フィールド/列」全体を NumPy 配列に保存する方法はありますか?
SAM 形式では、各アライメント ラインはセグメントの線形アライメントを表し、各ラインには 11 個の必須フィールド (QNAME、FLAG、RNAME、POS、MAPQ など) があります。
特定の BAM ファイル内のすべての「QNAMES」の NumPy 配列が必要だとしましょう。または、複数の列を取得して Pandas Dataframe にインポートすることもできます。
この機能は pysam で可能ですか?
自然に特定の BAM ファイルを で開き、pysam.AlignmentFile()個々のセグメントにアクセスするpysam.AlignmentSegment()ことができます。
ただし、すべての QNAMES を NumPy 配列に保存できますか?
python - pysam のインストールに関する問題
condaを使用してpysamをインストールし、pip install pysam失敗し続けるLinuxです。pysam が正常にインストールされた後、pysam が表示されconda listて表示されますanaconda2/pkgs/
がimport pysam、python 2.7.12 では失敗しましたTraceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named pysam
PLS ヘルプ。
python - BAM ファイル: pysam を使用して特定の位置ですべての読み取りを取得する
特定の位置に 520817 読み取りの BAM ファイルがあります (IGV で見られるように)。ただし、pysam を使用して特定の位置の読み取り名と関連するヌクレオチドを取得すると、その量ははるかに得られません (約 7000 回の読み取りしか取得できません)。その位置のヌクレオチドが参照ゲノムと異なる場合にのみ読み取りが得られると思います。回避策があるので、すべての読み取りを取得できますか? 私はバイオインフォマティクスから始めています...だから、私を助けるためにもっと必要なものを教えてください!
どうもありがとうございました！
これは私のコードです:
python - 互換性のないライブラリ バージョン libchtslib.so にはバージョン 9.0.0 以降が必要ですが、libcurl.4.dylib はバージョン 7.0.0 を提供します。
metaBIT というプログラムをインストールしようとしています。PATHに追加できました。しかし、私が実行すると：
エラーが発生し、次のようになります。
Google 検索を使用して、このエラーに関する利用可能なすべての提案を試しました。
pysam をアンインストールして再インストールしようとしました。
それでも同じエラーが発生します。助けてください！