問題タブ [rna-seq]

DESeq2 パッケージを使用して PCA を実行していますが、既に観測に基づいている形状の黒い輪郭を取得したいと考えています。丸いものは機能しますが、他の形状は機能しません。

Make stat_ellipse {ggplot2} Outline geom_point fill color やPlace a border around pointsなどの例では、データが 1 つの形状としてプロットされます。

以前に大きなデータセットで PCA を実行したため、再現可能な例を示すのは困難ですが、これは私が次のように実行したものです。

その鍵は、その新しいレイヤーのコーディングにあると思いますgeom_point

ランニングscale_fill_manual I get the following

RNA 配列データを使用して、R で火山プロット (抗生物質の有無にかかわらず細菌の異なる遺伝子発現を比較する) を介して遺伝子を分析しています。一方の条件と、もう一方の条件で「0」でない TPM 値は、差次的に表現されているとは判断されませんでした。私の火山プロットの遺伝子のいくつかは、TPM にこの違いがあり、私のプロットでは有意であると表示されますが、この「0」の値の差を持つ他の遺伝子は、私のプロットによれば有意であるとは見なされません。

これが私のデータのサンプルです (UO1_D712_##### は遺伝子座番号を表し、一番上の列は「1」が未処理で「2」が抗生物質で処理された異なる複製を表し、数字の横の文字は異なる複製を表します)テクニカル レプリケート):

計画マトリックス:

コードを書くために、この edgeR ユーザー マニュアルを読みました。

以下は、RNA seq データをサンプリングするコードの書き方です (~/Documents/VOLCANO/R10LB_0ugvs0.5ug.csv は上記のデータのサンプルを指し、~/Documents/VOLCANO/R10LB_0vs0.5_designmatrix.csv は上記を指すことに注意してください)。計画行列):

データを火山プロットにフォーマットするための私のコードは次のとおりです。

これは、現在すべてのデータを含む火山プロットです。

これらの関数 (つまり、filterByExpr、estimateDisp、makeContrasts、glmFit、glmLRT) の一部がどのようにデータをフィルター処理したか説明できますか? ある条件の 0 TPM から別の条件の値に変化するデータ ポイントの一部がプロットに表示され、他のデータ ポイントが表示されないのはなぜですか?

私の火山プロットを変更、修正、および/または改善するために推奨する他の特定のフィルタリングプロセスはありますか?

年齢と性別が遺伝子発現にどのように影響するかを特定するために、R にループを書き、データセット遺伝子 (= 210011 遺伝子と合計 6 サンプル; 列は遺伝子、行はサンプル) に対して線形回帰を実行したいと考えています。線形回帰からの適合値出力を新しいデータフレームに保存したい(基本的に、列に遺伝子があり、行にサンプルがある同様のデータフレームを生成する)。

だから私が書いたループは次のとおりです。

しかし、新しいデータフレームを保存できません。私はこれに従おうとしましたRで線形回帰をループ/繰り返す方法

しかし、結果として「0のリスト」が表示されるので、何か間違ったことを書いたに違いありません。結果を含む新しいデータフレームを生成する元のコードを変更するにはどうすればよいですか?

助けてくれてありがとう！