問題タブ [ropensci]

PubMedで検索ワードとして著者情報や論文情報を収集しています。パッケージ内を使用entrez_fetchして、著者名、発行年、およびその他の情報を正常に取得しています。rentrez以下は私のコード例です：

必要なすべての情報を取得したにもかかわらず、どの著者がどの PMID に属しているかを判断するのに問題があります。これは、PMID ごとに著者の長さが異なるためです。たとえば、私のコードのように 100 件の記事の著者情報を解析すると、100 を超える著者名が取得され、それぞれの PMID に関連付けることができません。全体として、次のような出力データ フレームが必要です。

このようにして、どの著者がどの PMID に関連付けられているかを知ることができ、さらなる分析に役立ちます。

念のため、これは私のコードの小さな例です。パッケージ内のXML解析を使用して、より多くの情報を収集しています。entrez_fetchrentrez

この問題は本当に私を悩ませており、助けや指導を本当に感謝しています. 事前にご協力いただきありがとうございます。

光沢のある出力の高さと幅を現在のウィンドウ サイズに合わせたいと思います。以下を使用しようとしましたが、役に立ちません。

上記の UI 関数の使用の代わりに、サーバー関数で使用する他のオプションを知っていますか?

小さいウィンドウ:

拡張ウィンドウ:

この質問が私が認識できない用語で尋ねられた場合は申し訳ありませんが、そうではないようです。

comm2sciライブラリの関数を使用して、taxize120,000 行を超える一般名のデータベースの学名を検索しています。以下は 10 個のサブセットです。

この関数で NCBI データベースを検索する場合、一般名が一般的/一般的であり、種固有ではない場合、ユーザーの入力を求められます。たとえば、次の呼び出しでは、「1」、「2」を入力して「AARDVARK」の説明を求めます。または「NA」の場合は「return」。

このため、座って数分ごとに 'return' を入力しないと、この関数に頼って 120000 種の名前を見つけることはできません。この質問が具体的に聞こえることは知っtaxizeていますが、過去に他の機能でもこの状況が発生しました。私の質問は次のとおりですcomm2sci。ユーザー入力が求められたときに特定の値を返す条件ステートメントに呼び出しを配置する一般的な方法はありますか? または、プロンプトが表示されたときに入力を返す関数を作成しますか?

これに関連するすべての検索は、ユーザー入力を求める方法を教えてくれますが、ユーザークエリを上書きする方法は教えてくれません。これらは私が見つけた 2 つの質問スレッドですが、私の状況には当てはまらないようです: R にコンソール入力を待機させますか? 、R スクリプトを非対話型から対話型に切り替える

これが明確だったことを願っています。お時間をいただきありがとうございました！