問題タブ [rosalind]

これがrosalindプロジェクトの問題に対する私の解決策です。

実行するprot('AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA')と、正しい出力が得られます'MAMAPRTEINSTRING'。ただし、rna (入力文字列) のシーケンスが数百のヌクレオチド (文字) の長さである場合、エラーが発生しました。

私が間違っていた場所を教えてもらえますか？

http://rosalind.info/で「メンデルの第一法則」の問題を解決しようとしています。

私はいくつかの異なるアプローチを試しましたが、ページ上のサンプル問題と同じ答えを返すソリューションを得ることができません. ただし、サンプル出力が正しいことは知っています。

これが私が持っているものです：

コードが間違っているのか、確率を計算する方法が間違っているのかわかりません。基本的には、考えられるすべての親のリストを取得し、それらが優性ホモ接合体、劣性接合体、またはヘテロ接合体のいずれであるかに基づいて、親の各ペアが少なくとも 1 つの優性対立遺伝子を持つ子供を生み出す確率を計算します。次に、各結果を親のペアの総数で割ります。その後、リストを合計するだけです。しかし、私の答えは少し間違っています。

誰かが私を正しい方向に向けることができますか?

EDIT：cartProdは、渡された2つのリストの「デカルト積」です。

問題があります

サンプル データセット: 頂点の数が 5、エッジの数が 4 で、1 2、2 3、4 3、2 4 がエッジ リストであるグラフ。

このデータセットの次数配列は 1 3 2 2 0 (頂点順) です。

このデータセットに対して 2 次配列を作成しました。3 3 5 2 0 です。

どこが間違っていますか？

今後のバイオインフォマティクス コースの準備として、rosalind.info からいくつかの課題を行っています。私は現在、課題「メンデルの第一法則」で立ち往生しています。

私はこれで力ずくで自分自身を攻撃できると思いますが、それはどういうわけか私の考えが複雑すぎるに違いありません. 私のアプローチは次のとおりです。

3 つのレベルを持つ確率ツリーを作成します。交配する 2 つのクリーチャー、クリーチャー A とクリーチャー B があります。最初のレベルは、クリーチャー A がホモ接合優性 (k)、ヘテロ接合 (m)、またはホモ接合劣性 (n) として選択される確率です。たとえば、ホモ接合ドミナントの場合、合計で (k+m+n) の生物が存在し、そのうちの k がホモ接合ドミナントであるため、確率は k/(k+m+n) となるようです。

次に、このツリーでは、これらのそれぞれの下に、クリーチャー A がどのクリーチャーとして選ばれたかがわかっている場合、クリーチャー B が k / m / n である確率が表示されます。たとえば、クリーチャー A がヘテロ接合体 (m) として選択された場合、クリーチャー B もヘテロ接合体である確率は (m-1)/(k+m+n-1) になります。これは、ヘテロ接合体が 1 つ少ないためです。

これにより、2 レベルの確率が得られ、ここまで到達するためだけに多くのコードが必要になります。文字通りツリー構造を構築し、各ブランチに対してその部分のコードを手動で記述しているからです。

クリーチャー A と B を選択すると、それぞれに 2 つの染色体があります。これらの染色体の 1 つをランダムに選択できます。したがって、A の場合は染色体 1 または 2 を選択でき、B の場合も同じです。したがって、4 つの異なるオプションがあります: A の 1 つ、B の 1 つを選択します。A の 2 つ、B の 1 つを選択します。 A の 2 つ、B の 2 つ。これらのそれぞれの確率は 1/4 になります。最終的に、このツリーはこれらの葉の確率を持つことになります。

そこから何らかの方法で魔法を使ってこれらの確率を合計し、2 つの生物が優性対立遺伝子を持つ生物を生み出す確率を調べます。

この課題が解決するのに何時間もかかるように設計されているとは思えません。私は何を考えすぎているのですか？

アップデート：

可能な限り最もばかげた力ずくの方法でこれを解決しました。何千ものシミュレートされた交配を実行し、割り当てを通過するのに十分な精度が得られるまで、最終的に優性対立遺伝子を持つことになる部分を見つけ出しました.

http://rosalind.info/problems/iprb/で問題を解決しようとしています

与えられた :生物を含む集団を表す3 つの正の整数k、m、および:個体は因子に対してホモ接合性優性であり、ヘテロ接合性であり、ホモ接合性劣性です。nk+m+nkmn

Return : ランダムに選択された 2 つの交配生物が、優性対立遺伝子を持つ (したがって優性表現型を示す) 個体を生み出す確率。任意の 2 つの生物が交配できると仮定します。

私の解決策はサンプルに対して機能しますが、生成された問題に対しては機能しません。さらに研究を重ねた結果、いずれかの生物を無作為に選択する確率を見つけ、2 番目の生物を選択する確率を見つけ、次にその組み合わせが優性対立遺伝子を持つ子孫を生み出す確率を見つけなければならないようです。

私の質問は次のとおりです。以下の私のコードは何の確率を見つけますか? 考えられるすべての交配について優性対立遺伝子を持つ子孫の割合を見つけますか?つまり、1 つのランダムな交配の確率ではなく、すべてのペアがテストされた場合、私のコードは優性対立遺伝子を持つ子孫の割合を求めていますか?

与えられたサンプル入力データに対して以下のコードをテストでき、正常に検証できました。

http://rosalind.info/problems/1c/

しかし、どういうわけか、私がダウンロードしたデータセットの答えは、ウェブサイトで受け入れられていません. 何かが欠けているかどうかはわかりません。

これには単純な indexOf 関数を使用しています。入力文字列が非常に大きい場合を除き、KMP が本当に必要かどうかはわかりませんでした。

9 行目で「リスト割り当てインデックスが範囲外です」というエラーが表示されます。GC コンテンツが最大のキーを取得し、GC コンテンツ値をキーとともに出力する必要があります。これは私が行っている例にすぎませんが、問題には 2 つ以上のシーケンスが含まれる場合があります。

Rosalind でオーバーラップ グラフの問題を解決するには?

http://rosalind.info/problems/grph/

私は趣味のプログラマーです (私の実際の専攻は生物学です) ので、コードがひどい場合は申し訳ありません。

とにかく、私は rosalind.info 演習 ( http://rosalind.info/problems/subs/ ) を行っており、特定の DNA モチーフがより大きな DNA 配列に含まれているすべてのインデックスを見つけたいと考えています。基本的に、文字列内の部分文字列のインデックスを見つける必要があります。簡単なはずですよね？ええと、多分あなたは私を助けることができます。

だからここに私のコードがあります：

そして、ここに私の出力があります：

私は***Repl Closed***石を裏返さないようにするためにそこに残しました。多分それはSublime REPLと関係がありますか?

とにかく、見ただけではわからないかもしれませんが、モチーフは実際には DNA 配列で何度も見つかります。それは、検索機能がそれを検出していないだけです。何を与える？

私は Rosalind 問題Mortal Fibonacci Rabbitsに取り組んでいますが、JavaScript で記述されたアルゴリズムを使用すると、Web サイトは私の答えが間違っていると言い続けます。Python で同じアルゴリズムを使用すると、別の (そして正しい) 答えが得られます。

不整合は、結果が大きくなった場合にのみ発生します。たとえば、JavaScript でfibd(90, 19)は戻りますが、Python では.28700485612337306002870048561233731259

JavaScript の数値について、別の答えが得られたり、JavaScript コードで微妙な間違いを犯したりすることはありますか?

JavaScript ソリューション:

Python ソリューション: