問題タブ [rprofile]

初期化時にRに特定のファイルをロードさせたいので、当然source、Rprofileにコマンドを追加しました。

しかし、起動すると、またはRのようなデフォルト関数に対して「関数が見つかりません」というエラーがスローされます。同じファイルを手動でワークスペースにロードすると、エラーは発生しません。runifrnorm

.Rprofile で 2 つのファイルをソースするときに問題が発生しています。最初のソース呼び出しが完了する前に、2 回目の source() 呼び出しが発生しているようです。以下は、私の .Rprofile と、私が見た動作の説明です。

上記のコードは、Packratのオートローダーを実行し、プロジェクトで使用するいくつかのローカル関数をソースすることになっています。私が見つけた動作は次のとおりです。

1. ファイルの 1 つ (packrat/init.R または R/source.R) のみをソースすると、ソース ファイルは期待どおりに機能します。
2. 両方をソースすると、packrat オートローダーsource("packrat/init.R")が実行の途中で停止します。次に、2 番目のソースであるsource("R/source.R")が実行され、正常に完了します。

source("R/source.R") ステートメントは、Packrat のオートローダー コードの途中で実行されるようです。source("packrat/init.R") 呼び出しがモーダルであることを確認できれば、エラーはなくなると思います。

この問題を解決するにはどうすればよいですか? source("packrat/init.R") 呼び出しモーダルを確実にする方法はありますか?

使用するソース ファイルと packrat ファイルを追加しました。両方のファイルをソースすると、packrat ブートストラップ プロセスから次の出力が得られるため、モーダルの問題のようです。依存関係 (packrat/init.R ブートストラップ) のロードの途中で停止し、サイレントに失敗します。RStudio でプロジェクトを起動すると、次のような応答が返されます。

.Rprofile で packrat/init.R をソースするだけで、packrat ブートストラップが正常に実行されて完了します。以下は、.Rprofile が packrat/init.R ファイルのみをソースとする場合のプロジェクト起動時の出力です。

これが私が使用したソースファイルです

packrat/init.r は packrat のデフォルトのオートローダーです。それは packrat.lock ファイルを通過し、依存関係をチェックし、CRAN、GitHub、およびローカル リポジトリを介して不足している依存関係を読み込みます。

私が使用する packrat.lock は次のとおりです。

最後に、私が使用している R/source.R ファイルのモックアップを示します。基本的に、プロジェクトの起動時に使用したい関数のリストをロードするだけです。

~/.Rprofile または path/to/project/.Rprofile でこれを検討してください:

RStudio 内で R を (再) 起動すると、コンソールに少なくとも次のように出力されます。

残念ながら、オプションbrowserは上書きされるようです:

これは、bash などから開始された R セッションでは発生しません。

システムインフォメーション：RStudio 0.98.953, R 3.1.1, Linux Mint x86_64

だから私の質問は：

RStudioで変更せずに起動時にオプション(「ブラウザ」)を割り当てる方法は?

また、RStudio がデフォルトに設定するその他のオプションを知りたいです。

関連: .Rprofile での列の動的サイズ変更

ユーザー .Rprofile のパラメーターにSys.getenv("COLUMNS")整数として (または数値として、つまり文字列として)渡そうとすると、起動時にエラーが発生します。widthoptions()

ただし、対話型セッションにログインした後、手動で同じことを試みると、エラーはスローされず、 とgetOption("width")同じ値が返されますas.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))。

特にStartupのヘルプページにある例に同様のものが表示されるため、.Rprofile から機能しない理由を知りたいです。xterm で R を使用しており、Linux (Arch) を使用しています。

lineprof を使用して、R コードの時間とメモリ消費量をプロファイリングしています。これは、私が書いた明示的なコマンドには良い結果をもたらしますが、外部パッケージを使用すると、必要な情報が得られません。たとえば、次を実行してみます(igraphを使用):

メモリについて得られた結果は、グラフの作成には多くのメモリが消費されますが、コミュニティの計算には使用されないということです。その理由は、「コミュニティ」は小さなデータ構造だからです。出力だけでなく、「leading.eigenvector.community」関数によって割り当てられたメモリの量をどうにかして取得したいと思います。可能であれば、関数内の結果も表示するより深い解像度が必要です。

R セットアップをカスタマイズしようとしています。関数 (.First/Last) をRprofile.siteorに入れることができる部分を理解しました.Rprofile。.Rdataしかし、私はルートを取りたいです。私が理解しているように、作業ディレクトリの.Rファイルのいずれかに.First/.Last関数がある場合。次に、.Rdataファイルを開くと、カスタム設定が読み込まれます。

セッションを終了すると Adios が表示されますが、.Rdata. とにかく、以下は私の .First と .Last 関数です。