問題タブ [rpy2]

ダウンロードしたソース アーカイブ 'rpy2-2.2.1.tar.gz' から rpy2 をインストールしようとしています。rpy2 documentationから提供されるインストール手順に従っています。これは私がやっていることです:

そして、これが試みの端末の出力です：

文字列で

Ubuntu1104でrpy2を使用しています。COXファイルをフォローしています。ファイルに記載されている手順はRにあります。rpy2を使用してPythonで同じ手順を実行する必要があります。rpy2のチュートリアルはありませんでした。私はなんとか以下を書くことができました、

しかし、次のエラーが発生します。

何か足りないものはありますか？Rの経験はありません。関数coxphのデータがデータフレーム形式である必要があるかどうかはわかりません。どんな助けでも大歓迎です。

これはRossi.txtへのリンクです

numpy 1.6.0 と python 2.7.2 を含む新しい無料の Enthought python ディストリビューションで rpy2-2.2.2 を使用しています。rpy2 を easy_installed した結果、v. 2.2.2 がインストールされ、すべてのテストが成功しました。

私が抱えている問題は、私が書いたコードが rpy2 2.1.8 と python 2.6 で問題なく動作することです。問題は、配列の numpy から R への変換にあります。

関連するコードのスニペットを次に示します。

これが最もエレガントな方法ではないことを喜んで認めますが、結果を提供する必要があるときは以前も今も機能していましたが、すべてが壊れています (!)。私が得るエラーは次のとおりです。

ここでの議論を見つけて、numpy 配列が自動的に R 配列に変換されるようになったという印象を受けましたが、ステートメントをコメントアウトしてrob.conversion.py2ri(HG_reg)numpy 配列を直接使用することも失敗するようです。明らかな何かが欠けていますか？なぜこれが 2.1.8 と 2.2.2 の間で壊れるのですか?

pip を使用して rpy2 をインストールしようとしています:

エラーで終了します：

macports で rpy2 もインストールしようとしましたが、インストールは完了しましたが、rpy2 はインポートされませんでした。XCode、バージョン 4.0.2 ビルド 4A2002a をインストールしました。gcc がインストールされています。

戻り値：

と

戻り値：

古いバージョンの gcc を探しているようで、正しい場所を指す方法がわかりません。どんな助けでも大歓迎です。

ソース（python setup.py install）とmacportsの両方からrpy2のインストール（正常に終了します）を試しましたが、rpy2をインポートしようとすると、次のエラーが発生します。

私はこれを理解できないようです、何か考えはありますか？

ありがとう！

pbs_torque によって管理されるクラスターで rpy2 を使用して単純な Python プログラムを実行しています。私の問題は、同じコードが完全に機能し、他の場合は論理的な理由やエラートレースなしで強制終了されることです. プログラムの実行中のランダムな時点で、実行が終了します。私が得る唯一の出力エラーはこれです：

kill: 20: そのようなプロセスはありません

私はそのメッセージを印刷していないことに言及する必要はありません。一部の出力エラー ファイルには、このメッセージが複数回含まれています。いくつか検索しましたが、関連するヘルプは見つかりませんでした。クラスターのすべてのノードは同じ構成を持ち、コアごとにプログラムの 1 つのインスタンスを実行することになっています。

提案は大歓迎です。

ありがとう

私はRとrpy2の両方に不慣れです。次の例を移植しようとしています

rpy2に。

これまでのところ私は

結果は。になるはずだと思いますres。ただし、をres使用して印刷するprint(res.r_repr())と、評価できない式が表示されます。これに関する助けをいただければ幸いです。

Windowsでrpy2 V2.0.8を使用しています。分類に rpy2 を使用しており、モデル (たとえば、glm からの出力) を保存 (ピクル) したいと考えています。ただし、私の知る限り、V2.0.8 は rpy2 オブジェクトのピクルをサポートしていません (これは Windows の最新バージョンです)。分類出力をファイルにピクル/保存する方法について何か提案はありますか? ありがとう！

Windows XP で rpy2-2.0.8、R-2.11.1、Python-2.6.2 を使用しています。

このスクリプトを実行すると、出力画像にテキスト メッセージが表示されます。このメッセージは clusplot の関数定義だと思います。

[test.py]

[テスト.csv]

しかし、私は R コンソール (rpy2 ではありません) を使用しています。テキストのオーバーラップの問題はありません。

誰か助けてくれませんか？

Rpy2を使用してBioconductorで古典的な遺伝子発現の例を実行する方法を模索していますが、最初は行き詰まっています。データをどのようにロードしますか？Rでは次のことを行います。

Pythonでは次のことを行います。

Pythonと同等の方法：

拡張機能のドキュメントにパッケージデータが読み込まれる例はありません。signature "character"私はこれがそれである可能性があると思いましたが、データはに供給されたときに持っているので、適切なクラスではないようですfeatureNames：

更新：私は今それを持っていると思います：