問題タブ [rpy2]

R maptools ライブラリを使用して Dataframe を SpatialGridDataFrame に変換するにはどうすればよいですか? 私は Rpy2 を初めて使用するので、これは非常に基本的な質問かもしれません。

Rコードは次のとおりです: 座標(dataf)=~X+Y

Python の場合:

この特定の質問とは別に、より一般的なアイデアについてフィードバックをいただければ幸いです。私の最終的な目標は、gstat ライブラリを使用して空間データで回帰クリギングを作成することです。R スクリプトは正常に動作していますが、Python/Arcgis からスクリプトを呼び出したいと考えています。このタスクについてどう思いますか?これは rpy2 経由で可能ですか?

どうもありがとう！リチャード

rpy2を使用してnumpy行列からR行列を作成するにはどうすればよいですか? 試してみましrobjects.r.matrix([the numpy matrix])たが、np 行列 (または配列) では機能しません。

ubuntu（11.04、natty narwhal）でR（2.14.2と2.15を試した）とrpy2（2.2.6、python 2.7.1）をビルドして、カスタムディレクトリ（以下では/ home /と呼ばれる）に展開しようとしていますme/lib/R)、ルート アクセス権がないため、サーバーで利用可能なバージョンよりも新しいバージョンが必要です。

ビルドなどの詳細は後述しますが、rpy2 のテストを実行しても、常に次のエラーが発生します。

カスタムビルドされたRバージョンに対してビルドされた正しいrpy2モジュール（カスタムビルドのもの）を呼び出していると確信しています。これを行うために、次のことを行っています。

1. 私は最初にubuntuでR-baseを構築します

   /li>

2. 次に、この R ビルドに対して rpy2 をビルドします

   また、/home/me/lib/pythonlib でモジュールを見つけるように pythonpath を調整したので、問題はありません。Python ビルドは正しい構成を返します (Rblas がここに表示されることに注意してください!)

   /li>

エラーを追跡しようとしましたが、終わりがありません。/home/me/lib/R/lib64/R/lib には libRblas.so が含まれていますが、奇妙な点が 1 つあります。それは、libRblas.so が libR.so から正しくリンクされていないことです。これによりエラーが発生し、修正方法もわかりません。

どんな助けでも大歓迎です！

Rのglmパッケージを使ってロジスティック回帰パラメータを計算したいです。私はpythonで作業しており、そのためにrpy2を使用しています。何らかの理由で、RI を使用して glm 関数を実行すると、rpy2 を使用するよりもはるかに高速な結果が得られます。rpy2 を使用した計算が非常に遅い理由を知っていますか? R - V2.13.1 および rpy2 - V2.0.8 を使用しています。使用しているコードは次のとおりです。

ここに示すように、最小二乗法または最尤法のいずれかを使用して分布に適合させたいデータの 1D リストがありますが、R インタラクティブ シェルの代わりに Python から実行したいと考えています。

rpy2 をインストールしましfitdistrた。データをリストにインポートしたので、インタラクティブipythonシェル内から関数を使用したいと考えています。

この機能はどこにあり、どのように使用するのですか?

rpy2 Python モジュールをビルドしてインストールしようとしています。しかし、エラーが発生しました（以下を参照）。

R が にインストールされC:\Program Files\R\R-2.15.0\てR.hおり、C:\Program Files\R\R-2.15.0\include. そのディレクトリでRヘッダーを見つけるようにsetup.pyに指示するにはどうすればよいですか?

Python と R の両方が、Windows 64 ビット用の公式バイナリ ファイルを使用してインストールされました。

誰かが Windows 64 ビットと Python2.7 64 ビット用の rpy2 バイナリ ビルドに貢献できますか? Christoph Gohlke 氏は、法律上または技術上の理由から、rpy2 はPython 拡張パッケージ用の非公式 Windows バイナリに含まれていないと述べています。他にヒットに成功した人はいますか？

ありがとう！

次のプロセスがあるとします。

ライブラリとしての R のこの構成では、次のようになります。

次のコマンドを使用して、「rpy2.rinterface._rinterface」拡張機能をビルドします。

このエラーが発生します：

Dunnet anova post hoc test を取得するためにこのコードを書きます

正常に動作しますが、分析後にソースコードを取得した出力から、そのコードを取り除き、Dunnet 分析から最終的なテーブルのみを取得するにはどうすればよいですか。

DebianサーバーにRPy2をインストールするために考えられるすべてのインストール方法を試しましたが、同じメッセージが表示されます。Macにインストールして正常に使用しました。足りないものはありますか？

始める

'

。。。

終わり

お手伝いありがとう

乳がん患者の再発確率を予測するための Cox PH 統計モデルを構築しています。患者や医師が使用するオンライン インターフェイスを作成して、関連する患者の特徴を入力し、再発の確率を計算できるようにしたいと考えています。前立腺癌ではありますが、完璧な例を次に示します: http://nomograms.mskcc.org/Prostate/PostRadicalProstatectomy.aspx

私の基本的な計画は、Python でツールを作成し、ユーザーの入力と以前に適合させた Cox PH モデルに基づいて R で確率を計算することです。このツールには、ドロップダウン ボックスとユーザー入力の数値の両方が必要です。問題は、Python で Web プログラミングや GUI プログラミングを行ったことがないことです。私の経験は、Python の科学的プログラミングの側面 (Pylab など) です。私の質問は次のとおりです。

1. Python と R に必要な関連パッケージは何ですか? 私が行ったいくつかのグーグルから、RPyとTkinterが明確な選択であるようです。
2. 誰かが使用するたびにツールがデータセットからモデルを計算する必要がないように、統計モデルを保存するにはどうすればよいですか? Cox PH モデルの場合、ベースライン ハザードとモデル式を保存する必要があります。
3. あなたの経験から役立つヒントはありますか？

あなたの助けに本当に感謝します！

私SyntaxError: keyword can't be an expressionが取り組んでいるスクリプトに入っています。

R のデータベース関数を使用して PostgreSQL データベースから取得したデータ テーブルを操作するために、Python でrpy2(および R パッケージ) を使用しています。geoRデータは、地理統計モデルで使用される座標と 2 列の数値データを含む空間データです。

データベース クエリの呼び出し後、データフレーム オブジェクト x は次のようになります。

次のような geoR 関数のオブジェクトを作成します。

from rpy2.robjects.packages import importr geo = importr('geoR')

geoR 関数を次のように呼び出す

動作しますが、引数data.colなしでは、場所属性をデータ属性として割り当てます。(座標属性の後の最初の列がデフォルトです。)

しようとしている：

生成:

私はそれを回避することができないようです。ここでいくつかの投稿を見て、オンラインで見回しましたが、これを理解できません。