問題タブ [samtools]

Linux で IntelliJ IDEA 2017.1.5 を使用していますが、IDE で htsjdk をコンパイルできません。おそらく誰かが方法を理解しましたか？

明確にするために、htsjdk は IDE ではなく、コマンド ラインから正常にコンパイルされます。

コンパイルするには、Gradle タブの小さなリサイクル アイコン (「refresh external project」) をクリックします。いくつかの作業の後、「コンパイルは8つのエラーで完了しました」と表示されます。

[ビルド] タブに次のエラーが表示されます。

エラー:(3, 28) java: パッケージ org.scalatest.testng が存在しません

これまで IntelliJ で Scala を使用したことがないため、どうすればよいかわかりません。

私は RNA-seq bam ファイルを持っていますが、私を困惑させる読み取りはほとんどありません。

bam ヘッダーによると、この bam ファイルは座標でソートされ、tophat を使用して作成され、markduplicate ステップは実行されていません。ただし、一部の読み取りは、samflag で重複しているとマークされています。さらに悪いことに、picard markduplicate を実行すると、これらの読み取りの pcr 重複フラグが切り替えられ、重複していないことが示されます。また、この読み取りの複製 (同じ開始位置と一致する開始位置を持つ同一の読み取り) を手動で見つけたので、最初のマーキングは真実に見えます。

だから私の質問は次のとおり
です。なぜこれが起こるのでしょうか?
Tophat は、重複している読み取りをマークしますか? (私はそうは思いません)
そして、読み取りが既に重複しているとマークされている場合、picard markduplicate はトグルしますか?

マーク重複ステップの前後で読み取りがどのように見えるかを次に示します。
Before:
C0RTF 1187 17 7579880 255 61M10754N40M = 7579927 10902 CTC...
0UNP1 163 17 7579880 255 61M10754N40M = 7579927 10902 CTC...

After Markduplicate
C0RTF 163 17 7579880 255 61M10754N40M = 7579927 10902 CTC...
0UNP1 163 17 7579880 255 61M10754N40M = 7579927 10902 CTC...

ありがとう

main.cpp ファイルのフォルダーにダウンロードしたsamtools C API ( https://github.com/samtools/samtools ) を使用して、単純な main.cpp プログラムを (Linux で G++ を使用して) コンパイルしようとしています。main.cpp をコンパイルする (そして最終的には samtools コードをコンパイルする) 非常に単純な makefile が必要です。ただし、メイクファイルに関する知識がほとんどないため、おそらく何か間違ったことをしている可能性があります。

これが私のメイクファイルです：

そして、ここに私のcppメインがあります:

「make」を実行すると警告なしでコンパイルされますが、実行時に「共有ライブラリのロード中にエラーが発生しました: libhts.so.2 は共有オブジェクト ファイルを開けません」と表示されます。

どんな助けでも大歓迎です！前もって感謝します。