問題タブ [samtools]

python/pysam を使用してシーケンス データを分析しています。コマンドmateのチュートリアル（pysam - SAMファイルを読み書きするためのインターフェース）では、次のように述べています。

'この方法は、ハイスループット処理には遅すぎます。読み取りをそのメイトで処理する必要がある場合は、読み取り名でソートされたファイルから作業するか、キャッシュ読み取りを使用することをお勧めします。

どのように「読み取りをキャッシュ」しますか?

DEXSeq現在、パッケージを理解しようとしています。デザイン tsv ファイルと、カウントを含む 7 つのファイルがあります。次のコマンドを実行します

最後のコマンドが与えるエラー

このエラーの意味と修正方法を教えてください。パッケージのロード中DEXSeqに警告がありました

pysam.view() を使用して、BAM ファイルから特定のアラインメントを除外しようとしています。私が直面している問題は、フィルターに複数の領域を含める方法です。

pysam.view() は samtools ビュー コマンドをエミュレートします。これにより、スペース文字で区切られた複数の領域に入ることができます。例:

しかし、対応する pysam.view 呼び出し:

動作しません。アラインメントは返されません。次のコマンドは正常に機能するため、問題はリージョンのリストを指定する方法にあると確信しています。

アライメントを返します。

私の質問は: pysam.view は複数のリージョンをサポートしていますか? また、このリストをどのように指定しますか? これに関するドキュメントを検索しましたが、何も見つかりませんでした。

相対的なUNIX初心者。いくつかのディレクトリ ( Sample*/) があり、samtools を使用してすべての raw.sort.bam ファイルをマージしたいと考えています。各ディレクトリ内でこれを行う作業コードがありますが、親ディレクトリからコードを実行して、すべてのディレクトリを一度に処理したいと考えています。私の問題は、フル パスで samtools を呼び出さなければならないことであり、このパスが UNIX ループ内でどのように機能するかを理解するのに苦労しています。

まず、各ディレクトリ内からマージおよび変換するための作業コードを次に示します。

さて、親ディレクトリから実行すると、すべてのディレクトリに対してこれを実行しようとする私の非動作コード:

エラー:

前もって感謝します。

htslibSAM/BAM ファイルを読み取るためにライブラリを使用していますが、完全に機能します。アラインメントを新しい SAM/BAM ファイルに書き戻すこともできます。

たとえば、次のコードはアラインメントの DNA 配列を出力します。

質問: クエリ シーケンスを変更するにはどうすればよいですか? たとえば、最初の文字を「T」に変更しますか? bam_get_seq読み取りのシーケンスを返しますが、bam_set_seq関数はありませんか? 理想的には、次のようなものを探しています:

更新の方法がわかれば、その情報を新しい SAM/BAM ファイルに書き込む方法がわかります。

BAM ファイルがあります。

NM:i:0 AS:i:101 XS:i:0 RG:Z:group1C++ コードのオプション フィールドを読み取る必要があります。ライブラリを使用してhtslib、これらのオプション フィールド以外のすべてを読み取ることができます。

htsib ライブラリのソース ファイルは、Github にあります。残念ながら、これらのフィールドを読み取ることができる関数を見つけることができません。

Q: htslib でオプションのフィールドを読み取る方法は?