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regex - 文字列の途中から文字を削除する
RX: フィールドを含む SAM ファイルがあり、途中で-ieで区切られた 12 の塩基が含まれています。RX:Z:CTGTGC-TCGTAA
このフィールドからハイフンを削除したいのですが、読み取り名にハイフンが含まれているため、ファイル全体からすべてのハイフンを単純に削除することはできません。1713704_EP0004-T
主に試してみtr,ましたが、これはファイルからすべてのハイフンを削除するだけです.:
入力は、次のような 10,000,000 行を超える大きな SAM ファイルです。
目的の出力 (つまり、最後のフィールド)
この問題を解決するにはどうすればよいですか?
alignment - bwa を使用したマッピングされていない読み取り
BWA MEM を使用していくつかの WGS ファイルを整列させようとしていますが、奇妙なことに気付きました。samtools flagstatこれらの .bam ファイルをチェックしていたとき、ほとんどの読み取りがマップされていないことに気付きました。
以前はSamtofastq、.bam ファイルを .fastq に変換していました。このファイルを head すると、次のように表示されます。
これらの文字 (<.@;:) は正常で、bwa の配置に影響しますか?
ここに私のbwaコードがあります:
そして私のsamtofastqコード
私は数時間からこれで立ち往生しています。前もって感謝します！
アップデート：
bwa mem アライメント中にフラグに気づきました