問題タブ [sbml]

私は C++ の使用にかなり慣れていませんが、64 ビット XP プラットフォームで matlab 用のバージョン 2.0.2 のSBML ツールボックスをコンパイルしようとしています。SBML ツールボックスは、 Xerces 2.8 とlibsbml 2.3.5に依存しています。

ツールボックスを 32 ビット マシン上でビルドおよびコンパイルすることができました。テストすると動作します。しかし、64 ビット マシンで再構築した後 (これは非常に残念です!)、長い .xml ファイルを読み込もうとすると、セグメンテーション エラーが発生します。

この問題は、ポインター アドレスの問題が原因であると思われます。

セグメンテーション違反からのスタック トレースは次のように始まります。

だから私は libsbml コードの StringBuffer_append 関数を見ています:

ensureCapacity は次のようになります。

StringBuffer_grow は次のようになります。

それは可能性が高いですか？

StringBuffer_append は私のセグメンテーション違反の原因ですか?

もしそうなら、誰かが修正を提案できますか？私は本当に C++ を知りません。ポインタとメモリのアドレス指定に特に戸惑っています。そのため、あなたが何について話しているのかわからない可能性があります。手を握る必要があります。

また、他の誰かが Microsoft Visual C++ Express Edition を使用して 64 ビット システム用に C++ をコンパイルしようとしている場合に備えて、ビルド プロセスの詳細をここにオンラインで公開します。

前もって感謝します！

-ベン

主に Web サイトやその他のアプリケーション向けの xml パーサーの書き方について、すでに多くの質問が寄せられています。

次のような有用であることが証明されている他のチュートリアルもあります。

http://www.switchonthecode.com/tutorials/xml-parsing-with-jquery

ただし、ファイル形式 sbml (システム生物学マークアップ言語) のパーサーを作成しようとしています。

仕様 - http://sbml.org/Documents/Specifications

私はパーサーをハードコーディングしようとしてきましたが、私が持っているケースでは機能しますが、すべてのセクションでは機能しません。

仕様は非常に大きく (8 ページ)、変更される傾向があるため、そのような場合のパーサーを作成するためのより良い方法はありますか?

すべてをハードコーディングするのではなく、可能なすべてのノードの配列を作成してループスルーすることは可能でしょうか。これはより効率的でしょうか？

python と lxml を使用して xml を処理します。必要なノードを取得するためにクエリ/フィルター処理を行った後、問題が発生しました。xpath で属性の値を取得する方法は? これが私の入力例です。

必要な値は resource=... にあります。現在、lxml を使用して値を取得しています。純粋な xpath でできるのだろうか？ありがとう

編集: 言い忘れましたが、これはルート ノードではないため、ここでは // を使用できません。xml ファイルには他に 2000 ～ 3000 個あります。私の最初の試みは、「.@attrib」と「self::*@」で遊んでいましたが、うまくいかないようです。

EDIT2：説明するために最善を尽くします（まあ、xpathを使用してxmlの問題に対処するのはこれが初めてです。英語は私のお気に入りの分野の1つではありません....）。ここに私の入力スニペットhttp://pastebin.com/kZmVdbQQ (バージョン 4 を使用したhttp://www.comp-sys-bio.org/yeastnet/からの完全なもの) があります。

私のコードでは、リソース リンク chebi ( を使用して種タイプ ノードを取得しようとしまし<rdf:li rdf:resource="urn:miriam:obo.chebi:...."/>)た。次に、rdf:li の rdf:resource 属性から値を取得しようとしました。つまり、child で属性を取得するのは簡単だと確信しています。種型のように親ノードから始めるとノードを探すのですが、rdf:liから始めるとどうすればいいのでしょうか? 私の理解では、xpathの「//」は、現在のノードだけでなく、あらゆる場所からノードを探します。

以下は私のコードです

Pythonを使用してxlsファイルを解析し、その情報をSBML（XMLのバージョン）に変換しています。

これはかなり長いファイル（> 3000行）であり、.xmlを開くと、文字列は1400または3000行前後でランダムに切り捨てられます。ただし、：print d.toSBML() と入力してこの文字列をコンソールに出力すると、文字列は切り捨てられず、解析された文字列の終わりを確認できます。

ここで何が問題になる可能性がありますか？

編集：問題をさらに詳しく分析するために、outfile2.close（）を使用してコードを閉じ、スクリプトでsを出力してコンソールに出力しようとしました。これにより、切り捨てられた文字列sとd文字列の両方が返されます。ただし、正確なコマンドをインタプリタに個別に入力すると、両方とも正しく印刷されます。誰もがこの不一致で何が起こっているのか知っていますか？

外部プログラムによって生成された xml ファイルを解析しています。次に、独自の名前空間を使用して、このファイルにカスタム アノテーションを追加したいと思います。私の入力は次のようになります。

問題は、lxml が使用時にのみ名前空間を宣言することです。これは、次のように (簡略化して) 宣言が何度も繰り返されることを意味します。

orなどの親要素で lxml にこの宣言を 1 回だけ書き込むように強制することはできますsbmlかlistOfSpecies? それともそうしない正当な理由がありますか？私が望む結果は次のようになります。

重要な問題は、ファイルから読み込まれた既存のデータを保持する必要があるため、新しいルート要素を作成することはできません (だと思います)。

編集: 以下に添付されたコード。

数値シミュレーションをキャプチャするための XML 形式である SBML を使用しています。これは、MathML を使用して、シミュレーション内のさまざまなものの量を関連付ける方程式を取得します。方程式を手書きで書き留める場合、厳密には必要ではありませんが、方程式を読みやすくするためのいくつかの括弧を追加します。たとえば、手書きで次のように書く方程式があるとします。

これが MathML に入ると、これらの括弧は取り除かれ、MathML をきれいに印刷すると、次のようになります。

これは私を悲しくさせます。これらの (冗長な) ブラケットを MathML 式でキャプチャする方法はありますか?

POCO のライブラリを使用して個々のノードを抽出したいのですが、その方法がわかりません。私はXMLが初めてです。

XML 自体は次のようになります (省略)。

listOfReactions ノード内のすべてを抽出し、それを std::string に格納して、後で MD5 ハッシュに使用したいと考えています。

私はこれを試しました：

以下のsbml/xmlファイルから情報を解析しようとしています

https://dl.dropboxusercontent.com/u/10712588/file.xml

このコードから

http://search.bioconductor.jp/codes/11172

でファイルを正常にインポートできるようです

しかし、私はノード属性を回復できません

また

ファイルのノードが続きます...

種ノード内のすべての情報を取得したいのですが、その方法を知っている人はいますか?

大腸菌のコア代謝のマップを描く必要があります。マップ内の各反応に関連して、この反応によるフラックスを示す数字があります。マップ内の各反応の色を通して、これらのフラックスをマップに反映させたいと思います。

Mathematica や Cytoscape などのツールを使用してみましたが、代謝ネットワークの適切なレイアウトを取得するのは非常に困難です。紙の上では非常によく見える大腸菌の代謝マップを見たことがあります。私が必要としているのは、このようなマップですが、反応の色を定義できる場所です。

metdraw.com など、利用可能なツールがいくつかあります。しかし、E.coli SBML モデルをアップロードすると、プロット レイアウトがひどいものになります。以前は、反応フラックスを入力するだけで、事前に構築されたモデルに使用できる Web IPython ノートブックがありました。しかし、今はなくなっています: http://nbviewer.ipython.org/github/opencobra/cobrapy/blob/master/documentation_builder/visbio.ipynb

例については、下の画像を参照してください。コンパートメントを区切る黄色のバウンディング ボックスは忘れてください。私はそれらを惜しまないことができます。