問題タブ [sequencing]

Lawson lab からのアノテーションを使用して、受精後 99.50 時間の変異体ライブラリー (99H50) の STAR インデックスを使用してゲノム インデックスを生成しようとしていました。私が使用したコードは次のとおりです。

HPC クラスターでこのコードを実行しようとすると、次のようなエラーがスローされます。

Google で調べたところ、このようなエラーはメモリの割り当てに起因する可能性があることがわかったため、十分なスペースがあるクラスター内のスペースから実行しました。

このようなジョブのメモリ使用量は、ジョブ ID によって示されます。

私はインターネットを閲覧し、解決策を見つけようとしました。

1. 計算メモリの問題を減らすために、スレッドの数を 10 から 1 に減らしてみました。
2. 次のようなフラグを使用して、特定のメモリ制限を割り当てようとしました。

ゲノム fasta ファイルの一部の行は次のとおりです。

できる限り詳細を提供しようとしましたが、どんな助けも役に立ちます。

data.table に新しい変数を作成しようとしています。これは、data.table 内の変数を取得し、観測ごとにその変数をベクトルと比較し、data.table 内の変数よりも大きいベクトル内の最初の観測のインデックスを返すことを目的としています。

例

の観測ごとに、 の観測よりも大きいVariableの最初の観測のインデックスを知りたいです。ComparatorVectorVariable

で araound をプレイしましたがmin(which())、 を通過させることができませんでしたComparatorVector。関数も見ましたmatch()が、完全一致のインデックス以外のものを返す方法が見つかりませんでした。