問題タブ [sequencing]

bwa mem を使用してシーケンス リードを hg19 リファレンスにアラインしようとしていますが、すべてのシーケンスに UMI (Unique Molecular Identifier) があります。私は umitools を次のように使用しました：

これにより、私の UMI シーケンスが output.fastq ファイルの名前行に適切に追加されましたが、bwa mem を使用して整列させると、次のエラーが発生します。

これが起こらないように、bwa mem と umitools の両方を一緒に使用する方法はありますか?

Bash を使用して Fastq ファイルを複数の同様の行に手動で編集したいと思います。

Fastq ファイルでは、シーケンスの読み取りは 2 行目から開始され、4 行ごとに検出されます (つまり、2、6、10、14 行目...)。

シーケンス読み取りの最初の 6 文字が切り取られていることを除いて、Fastq ファイルと同じ編集済みテキスト ファイルを作成したいと考えています。

編集されていない Fastq:

編集された Fastq:

Web オーディオ API とさまざまな長さのさまざまな音楽ループを利用するループ シーケンサーを構築しようとしています。一般的な考え方は、ループが (ある程度) ランダムに選択され、最初、中間、および最後のセクションの特定の順序で再生されるというものです。ベース、ドラム、リード、FX の 4 つのチャンネルがあります。最後のセクションが終了する直前に、新しいサンプル セットが選択され、同じ式を使用して再生されます。

次に、ビジュアライザーとオートメーションを追加する予定です。つまり、最後の数小節のリバーブです。

私は「Tale of Two Clocks」の方法に従わなければなりませんが、私はプログラミングや JavaScript に比較的慣れていないため、それを実装するのに苦労しています。これを完了するには、必要以上に複雑になる可能性があると思います。

私の最初のアイデアは、ループを再生する回数を指定する内部の play メソッドを使用して for ループを作成することでしたが、代わりにサンプルが一度にすべて再生されることがわかりました。「Tale of Two Clocks」に従って、setTimeout() と setInterval() の使用は可能な限り避けています。これは遅延につながるだけだからです。

私の 2 番目のアイデアは、すべての play メソッドを一度に呼び出すことでした。

等々。ただし、これは一連の問題を引き起こし、かなり非効率的な方法のように思えます。

明らかな解決策が欠けているように感じますが、かなりの調査の結果、まだ解決できていません。サンプルが終了するまで for ループで playSound 関数を待機させてから再度繰り返すようにするのが最も簡単なように思えますが、これは見た目よりもはるかに困難です。誰かアドバイスをいただければ幸いです。私はこれで終わりです。前もって感謝します！

//追加するために、2 番目の方法で抱えている問題は、開始セクションだけでも現実的に再生するには、コードを次のようにして約 30 秒間再生する必要があることです。

これは、一度に play() メソッドへの 16 回の呼び出しです。曲全体を再生するには、再バッファリングされて再度再生するように求められる前に、4 つのセクションが必要になる可能性があります。これは、ロード直後に同時に少なくとも 16*4 (64) の呼び出しです。スペクトグラフ、自動化された audioParam およびボリューム/エフェクトのスライダーが含まれていると、これにより問題が発生する可能性があると思いますか?ありがとう。

//// これは、私の問題のほとんどの原因となっているコードの例です。

*最初の例では、n = n+2 で中間セクションがキューされるため、n が関数に渡されます。

* 2 番目の例では、各ループが終了前のループの直後に開始されるように playLead を呼び出すのに問題があります。代わりに、メソッドは一度に 4 回呼び出されます。playLead メソッドのリターンを受け取るまで for ループが続かない方法があったのではないかと思っていましたが、それは間違っているようです。

これにより、私がどこにいるのかをもう少し理解していただければ幸いです。他に入れて欲しい物があれば聞いてください。助けてくれてありがとう！

シーケンスは次のようになります。
AZ,AA-AZ,BA-BZ,CA-CZ,.......,ZA-ZZ ZZ の次
はAAAから。 次に、AAAからZZZに、次にAAAAからZZZZに、というように続きます。

このシーケンスは、Excel シートのシーケンスとほとんど同じです。

編集：私のコードを追加しました

これは私がやったことです。しかし、私はそれが間違った論理であることを知っています。

ありがとう。

この質問からいくらかの助けを得ましたが、さらに支援が必要です。

次に利用可能な 2 桁の英数字コードを生成できるようにする必要があります。あなたが尋ねる前に、テーブル定義を変更することはできません。私はT-SQLで働いています。

たとえば、私がシーケンスを持っているとしましょう

00, 01, 02,..., 09, 0A, 0B, 0C,..., 0Y, 0Z, 10, 11,...1Y, 1Z, 20, 21,..., 9Y, 9Z, I次の ID を A0 にしたいのですが、

次に A1、A2、...、A9、AA、AB、AC、...、AZ、次の ID を B0、次に B1 などにしたいと思います。

要するに、私は 00 から ZZ までずっと移動し、そのたびにそのフィールドで MAX を探し、その最大値より 1 大きい新しいコードを割り当てたいと考えています。A > 9 であり、最初の列が 2 番目の列よりも大きいため、A0 > 99 および AA > A9 であることがわかります。

これらすべてに数値 ID を割り当てることができたらいいのにと思いますが、この時点ではテーブル定義がより重要であるため、変更することはできません。限られたスペース。

ご協力ありがとうございました。

次の例のような、ゲノムの塩基対の位置を含むシーケンス データファイルがあります。

列 2 で見つかった bp の位置によって定義された特定のグループを比較したいと思います。次に、一致する領域の列 5 の数値の平均が必要です。

したがって、上記の例を使用して、chr1 810-820 および chr2 310-330 にまたがるすべてのサンプルの 5 番目の列の平均を探しているとしましょう。最初の 5 行を特定し、5 列目の数値を平均すると、0.42 になります。

範囲の配列を作成し、awk を使用してこれらの場所を呼び出そうとしましたが、失敗しました。前もって感謝します。

コードを書いているときにエラーが発生する

一部でこのエラーが発生しています[index] == []：

私の質問は、なぜこのエラーが発生するのか、どうすれば修正できるのでしょうか?

次のファイルは、ペアエンドの fastq ファイルの 2 つのメイトです。各 fastq を長さに基づいて分けたいと思います。

mate1.fq:

mate2.fq:

これを行うために次のコードを書きましたが、2 番目のファイル ( mate2.fq) でのみ奇妙なエラーが発生しますが、どちらも 151 bp の読み取りがあります。

エラー:

Can't use string ("151") as a symbol ref while "strict refs" in use at

これらのファイルを処理するにはどうすればよいですか?