問題タブ [sequencing]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
nginx - SSL と NGINX を使用して独自のコンテナーを提供する Kubernetes クラスターを作成する方法
内部に次のサービスを含む Kubernetes クラスターを構築しようとしています。
- Docker-registry (これには私の django Docker イメージが含まれます)
- ポート80と443の両方でリッスンするNginx
- PostgreSQL
- gunicorn で提供されるいくつかの django アプリケーション
- 署名付き SSL 証明書を生成して自動的に更新するletencryptコンテナ
私の問題は、クラスターの作成中に発生するニワトリと卵の問題です。
私の SSL 証明書は、letsencrypt コンテナーによって生成されるシークレット ボリュームに保存されます。証明書を生成できるようにするには、ドメイン名の所有者であることを示す必要があります。これは、サーバー名からファイルにアクセスできることを検証することによって行われます (基本的に、これはポート 80 経由で静的ファイルを提供できる Nginx で構成されます)。
ここで最初の問題が発生します。letsencrypt が必要とする静的ファイルを提供するには、nginx を起動する必要があります。シークレットがマウントされていない場合、nginx の SSL 部分を開始できず、暗号化が成功した場合にのみシークレットが生成されます...
したがって、簡単な解決策は、2 つの Nginx コンテナーを用意することです。1 つはポート 80 でのみリッスンし、最初に開始されます。次に、letsencrypt を開始し、ポート 443 でリッスンする 2 つ目の Nginx コンテナーを開始します。
->私の意見では、この種のリソースの無駄のように見えますが、そうではありません.
2 つの nginx コンテナーがあると仮定すると、https 経由で Docker レジストリーにアクセスできるようにする必要があります。
したがって、私のnginx構成では、 docker-registry.conf ファイルは次のようになります。
重要な部分は、レジストリ コンテナーにリダイレクトする proxy_pass です。
私が直面している問題は、私の Django Gunicorn サーバーの構成ファイルも同じフォルダー django.conf にあることです。
したがって、nginx は次の 3 つの条件でのみ正常に起動します。
- シークレットがマウントされている (これは、Nginx を 2 つの別個のコンテナーに分割することで対処できます)
- レジストリ サービスが開始されました
- djangoサービスが開始されました
問題は、django イメージがそのイメージをレジストリ サービスから取得しているため、再びデッドロック状態になることです。
私はそれについて言及しませんでしたが、レジストリとdjangoの両方でServerNameが異なるため、nginxは両方を提供できます
私がそれについて考えた解決策(しかし、それはかなり汚いです!)は、より多くの構成でnginxを数回リロードすることです:
- docker レジストリ サービスを開始します
- 私はregistry.confだけでNginxを起動します
- django rc とサービスを作成します
- registry.conf と django.conf の両方で nginx をリロードします
失敗した構成を無視してnginxを開始させる方法があれば、おそらく私の問題も解決するでしょう。
このセットアップをきれいに達成するにはどうすればよいですか?
ご協力いただきありがとうございます
ティボー
python - FASTQ ファイルのペアで対になっていない読み取りをフィルター処理する Python スクリプトのパフォーマンスを向上させる
ペアエンド シーケンス データがいくつかあります。ただし、ファイルが正しくペアリングされていません。読み取りペア ファイルの一貫性を保つために削除する必要があるペアになっていない読み取りがあります。Trimmomatic を使用するような解決策はありますが。自分のスクリプトのパフォーマンスを向上させる方法について提案が必要です。現在のバージョンでは、1 秒あたり約 10K レコードが処理されます。
これが私の FASTQ ファイルの外観です。
ありがとう
更新: main() 関数でライン プロファイラー (kernprof) を実行しました。そして、次の統計を得ました:
タイマー単位:1e-06秒
合計時間: 0.808629 秒 ファイル: paired_extractor.py 関数: main at line 46
events - GoogleマップAPI 3呼び出しを順番に強制する
オーバーレイを読み込んでから、定義済みのビューにズームしたいと思います。これは機能しますが、オーバーレイが大きい場合、ズームが最初に発生することがあります。ズームする前にリスナーが「アイドル状態」を待っていても、順序が狂うことがあります。Bの前にAを強制する方法はありますか?
virtualization - App-V 5.1 のパッケージ バージョン GUID
App-V 5.1 を使用しています。[変更履歴] タブの「パッケージ バージョン GUID」が何を意味するのか興味深いです。この値は、[プロパティ] タブの「パッケージ バージョン GUID」とは異なります。また、パッケージを追加した後、この値を見つけることができません。appv xml マニフェストでパッケージを公開します。このタブ [変更履歴] は何か意味がありますか?
sequencing - ベッドファイルまたはウィッグファイルからRPKM値を取得するには? この 2 種類のファイルの違いは何ですか?
RNAseq から fastq raw ファイルをダウンロードして、遺伝子発現値を取得したいと考えています。ただし、GEO は .bed.gz および .wig.gz 形式のみを提供します。RPKM 値を取得するにはどうすればよいですか? どうもありがとうございました!
r - DEXSeq カウント テーブルの分析
RNASeq fastqs の処理にはプラットフォーム「Bcbio」を使用しています。プロセスの最後に、counttables、バショウカジキの生データなどの多数のファイルが生成されます。次のような「combined.dexseq」というファイルもあります。
ビネットに続いて DEXSeq 分析を実行したいのですが、問題は、関数が使用されたときに最後にビネットがデータ形式を生成することです。featureCounts()
私が持っているファイル形式を使用して、エクソン フォールドの変化を推定したり、分析に他の重要な関数を使用したりするのを手伝ってくれる人はいますか?