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mpi - ローカル ホストに MPI がないコンテナー内の MPI
背景: Singularity コンテナー内に MPI ベースのアプリケーションを作成し、Singularity のドキュメントで推奨されているハイブリッド モードを使用してそれらを実行しました。これには、コンテナーとホスト O/S の両方に「互換性のある」バージョンの MPI がインストールされている必要があります。複数のノードでジョブを実行する場合、これが必要な理由を理解しています。
しかし、私たちのユースケースでは相互接続が遅いため、複数のノードでジョブを実行することはほとんど意味がありません。ハイブリッド モードでは、ホスト O/S で適切な MPI が使用可能であることを確認するために、使用される可能性のあるすべてのコンテナーに組み込まれている MPI のすべてのバージョンを追跡する必要があります。そもそも私がコンテナを使うようになったのは、この種のバージョン依存の問題に対処しなくて済むようにするためです。
私の質問: MPI アプリケーションは単一の物理ノード内でしか実行できないという制限に問題がなければ、ホストに何かがインストールされていることに依存しない Singularity コンテナーで MPI アプリケーションを構築する方法はありますか? /S?
r - R はテキストの代わりに四角形でプロットを描画します
再現性を確保するために、環境を使用snakemakeしてパイプラインを構築しています。プロットのテキストが長方形に置き換えられるというエラーが発生します
condasingularity
condaLinux および Mac システムでパイプラインを試し、特異点コンテナーを無効にした後、Mac で( )のみを使用してパイプラインのみを実行すると、テキストが正常に描画されるため、フォント ライブラリが見つからないことが問題の原因であることがわかりました--use-conda。
特異点コンテナーは、Debian GNU/Linux を使用するこの miniconda dockerイメージから構築されます。テキストが描画されない最小限のサンプル パイプラインを作成することができました。
壊れたプロットを描画するには、パイプラインを実行します
Debian GNU/Linux で R を使用してテキストを正しく描画するには、どのパッケージ/ライブラリが欠けている可能性がありますか?