問題タブ [t-test]

私はプログラミング (つまり、ループと if-else ステートメント) は初めてですが、R の統計は初めてではありません。

5 つの異なる集団内の男性と女性の間で比較したい約 16 の特性があるため、5x16 の比較になります。まず、男性と女性の形質の分散が等しいかどうかを確認し (var.test)、この情報を使用して t.test 関数の正しいバージョン (var = T または var = F) を決定します。このプロセスを自動化するループを作成しようとしています。

機能する if-else ステートメントを書きました。

しかし、これを私のすべての特性に適用する方法を理解できないようです.

ネストされた 2 つの for ステートメントを使用したくありません。

これは、特性のすべての組み合わせに対して var.test および t.test を実行するマトリックスを作成するためです。一方、各特性の男性と女性のバージョンのみをペアにしたい.

これが私のデータの形式です。データの 2 つのサブセット (男性と女性) を作成しました。

対応のある t 検定を実施し、得られたメチル化データの p 値を生成しようとしています。

データは 6 列です。治療前の各患者に 3 つ、治療後の各患者に 3 つです。遺伝子ごとに 1 つの行 (数千) があり、値の範囲は [0,1] です。

行ごとに t 検定を実行し、最終的に遺伝子ごとに 1 つの p 値を生成したいと思います。この対応のある t 検定では、[1,1] に値があり、[1,4] と、[1,2] と [1,5]、[1,3] と [1] が対になっています。 、6]。

これは厳密には配列データではないため、limma パッケージは使用したくありません。非配列データに limma を使用できますか?

各 t 検定を実行し、結果の p 値を生成するにはどうすればよいですか?

以下は私が現在実行しているものですが、R は "Error in t.test.default(cg.t[i, c(1, 3, 5)], cg.t[i, c(2, 4, 6) )]) : 「x」観測が不十分です"

私はRで働いて1年目の初心者の生物統計学者であるため、私の素朴さを許してください。あなたの助けに感謝します。