r - Cytoscape への Igraph レイアウトのエクスポート

Question

Rでデータ フレームDiffと隣接行列を使用して igraph プロットを作成し、 で取得したプロットをで読み取り可能な形式でadjacency保存したいと考えています。どうすればそれを行うことができますか？layout.mdsCytoscape

データ フレームは次のとおりです。

違い:

 0.0  0.1  0.2  0.3  0.4
 0.1  0.0  0.5  0.6  0.7
 0.2  0.5  0.0  0.8  0.9
 0.3  0.6  0.8  0.0  1.0
 0.4  0.7  0.9  1.0  0.0

隣接:

0  1  1  0  0  0
0  0  0  1  1  0
0  1  0  0  1  0
0  0  0  0  0  1
1  0  0  1  0  0

プロットを取得するために使用されるコードは次のとおりです。

data <- Diff

library(igraph)
graph <- graph.full(nrow(data))

layout <- layout.mds(graph, dist=as.matrix(data), dim=3)
edge <- graph.adjacency(as.matrix(adjacency),mode="directed")

plot(edge, layout=layout)

Answer 1

ネットワーク プロットを GML 形式にエクスポートする機能を備えたパッケージNetPathMinerを使用して、Cytoscape に直接インポートすることができます。plotCytoscapeGML

注:こちらの RESTful ソリューションの例を使用して実行することもできます。

注: RCytoscapeコメントで提案されているものは、Cytoscape 3 と互換性がありません。