私は次のコードを使用して多様性を判断しており（ビーガンパッケージを使用）、うまくいっています。ビーガンを使用して多様性を計算するには、種ごとのサイトのみでデータフレームを作成する必要があります。次に、多様性を計算し、dplyr の mutate を使用して、多様性メトリックである元のデータフレームに新しい列を作成できるようにします。
final_corrected %>% select(eu_density, para_density, bleph_density, colp_density, rot_density, vort_density) -> final_speciesonly
H.protists <- diversity(final_speciesonly)
final_corrected %>% mutate(diversity = H.protists) -> final_diversity
私の問題は、要約されたデータセットを使用してこの分析を再度実行しようとしたことです。変更しようとすると、エラーがポップアップ表示されます。
summary_diversity[3:8] -> summary_speciesonly
H.protists.sum <- diversity(summary_speciesonly)
summary_speciesonly %>% mutate(diversity_sum = H.protists.sum) -> summary_diversity_total
エラー: mutate でサイズのベクトルを複製できません
H.protists と H.protists.sum の違いを見ると、H. protists は名前付きの num 値であるのに対し、H.protists.sum は単なる num 値であることがわかります。それぞれのヘッダーは次のとおりです。
header(H.protists)
1 2 3 4 5 6
0.3144922 0.8980537 0.8740576 0.2771206 0.5701381 0.3502690
header(H.protists.sum)
[1] 1.336860 1.331183 1.193013 1.192450 1.258912 1.412319
これがエラー メッセージが表示される理由だと思いますが、修正方法がわかりません。ヘルプ？