私はtrnL葉緑体遺伝子を使用して草食動物の糞から植物を識別しており、現在、イルミナの出力からtrnL配列に分類法を割り当てようとしています。実行したいQIIMEスクリプトとオプションは次のとおりです。
assign_taxonomy.py -i rep_set_numbered.fa -r sequence.fasta -t id_to_taxonomy.txt -e 0.01 -m blast
データ パイプラインからの入力ファイルと、NCBI GenBank (205,703 シーケンス) からの参照ファイルがあります。しかし、タブ区切りの分類テキスト ファイルがありません。通常は Excel から生成しますが、FASTA ファイルは非常に大きい (500 MB 以上) ため、Excel で完全に表示することはできず、確実に編集することはできません。
私の質問は、参照 FASTA ファイルから独自のタブ区切りの分類法ファイルを生成するためのコマンド ライン メソッドがあるかどうかです。そうでない場合、「assign_taxonomy.py」QIIME スクリプトでこの必須オプションを処理するための他のオプションは何ですか?