5

パッケージdendextendを使用してデンドログラムを作成しようとしています。それは本当に素晴らしい gg デンドログラムを作成しますが、残念ながらそれを「円」にすると、ラベルが追いつきません。以下に例を示します。

私の距離オブジェクトはここにあります: http://speedy.sh/JRVBS/mydist.RDS

library(dendextend)
library(ggplot2)
#library(devtools) ; install_github('kassambara/factoextra')
library(factoextra)


clus <- hcut(mydist, k = 6, hc_func = 'hclust', 
             hc_method = 'ward.D2', graph = FALSE, isdiss = TRUE)

dend <- as.dendrogram(clus)
labels(dend) <- paste0(paste0(rep(' ', 3), collapse = ''), labels(dend))
dend <- sort(dend, decreasing = FALSE)

ggd1 <- ggplot(dend %>%
                   set('branches_k_color', k = 6) %>%
                   set('branches_lwd', 0.6) %>%
                   set('labels_colors', k = 6) %>%
                   set('labels_cex', 0.6), 
               theme = theme_minimal(),
               horiz = TRUE)
ggd1 <- ggd1 + theme(panel.grid.major = element_blank(),
                     axis.text = element_blank(),
                     axis.title = element_blank())
ggd1 <- ggd1 + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -3)

これにより、基本的に次のイメージが得られます ここに画像の説明を入力 。これは素晴らしいことです。ただし、これを円に変えたいので、次を使用します。

ggd1 + coord_polar(theta = 'x')

そして、このグラフを以下に示します。これはまさに私が望むものに近いですが、ラベルを回転させるだけです。 ここに画像の説明を入力

どんな助けでも大歓迎です。内部では、dendextend が基本的にいくつかの data.framesを作成し、それらに対してgeom_segment()andを呼び出しgeom_text()て樹状図とラベルを作成していることを知っています。関連する data.frame を次のように公開できると思います。

back.df1 <- dendextend::as.ggdend(dend)
back.df2 <- dendextend::prepare.ggdend(back.df1)

別の戦術はggplot(labels = FALSE...)、プロット時に使用しgeom_text()てから、色を保持しながらgeom_text(angle = ).

また、さまざまな ggplot ウィザードを組み合わせることでback.df2、1 番目と 2 番目のプロットを再度取得して作成できるようになるだけでなく、ラベルの角度も制御できると思います。しかし、私はこれを行う方法がわかりません.dendextendパッケージを使用してすでに多くのことを構築しており、理想的には樹状図オブジェクトを作成するために新しいパッケージを使用する必要がないようにしたいと考えています.ラベルの外ではこれが本当に好きです!

解決

これは、以下の Richard Telford のソリューションに基づいています。最初に の編集版を作成しましたggplot.ggdend()。これは、以下の回答で提供されているものと同じです。次に、読みやすさを向上させるために、ラベルの回転が 6 時から 12 時に切り替わるように、角度と hjust のベクトルを自動的に作成する関数を作成しました。

createAngleHJustCols <- function(labeldf) {        
    nn <- length(labeldf$y)
    halfn <- floor(nn/2)
    firsthalf <- rev(90 + seq(0,360, length.out = nn))
    secondhalf <- rev(-90 + seq(0,360, length.out = nn))
    angle <- numeric(nn)
    angle[1:halfn] <- firsthalf[1:halfn]
    angle[(halfn+1):nn] <- secondhalf[(halfn+1):nn]

    hjust <- numeric(nn)
    hjust[1:halfn] <- 0
    hjust[(halfn+1):nn] <- 1

    return(list(angle = angle, hjust = hjust))
}

次に、次のコードを使用してプロットを作成しました。

gdend <- dendextend::as.ggdend(dend %>%
                                   set('branches_k_color', k = 6) %>%
                                   set('branches_lwd', 0.6) %>%
                                   set('labels_colors', k = 6) %>%
                                   set('labels_cex', 0.6))

gdend$labels$angle <- ifelse(horiz, 0, 90)
gdend$labels$hjust <- 0
gdend$labels$vjust <- 0.5

# if polar, change the angle and hjust so that the labels rotate
if(polarplot) {
    newvalues <- createAngleHJustCols(gdend$labels)
    gdend$labels$angle <- newvalues[['angle']]
    gdend$labels$hjust <- newvalues[['hjust']]
}

ggresult <- newggplot.ggdend(gdend, horiz = TRUE, offset_labels = -2) 
ggresult <- ggresult + ggtitle(plottitle)
ggresult <- ggresult + theme(plot.margin = margin(c(2,2,2,2),
                             axis.text = element_blank(),
                             plot.title = element_text(margin = margin(10,2,2,2)))
ggresult <- ggresult + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -5)
ggresult <- ggresult + coord_polar(theta = 'x', direction = 1)

そして、最終的にこの最終的なプロットが作成されました! ここに画像の説明を入力

(データのいくつかを変更したため、一部の順序がプロットで異なって見える場合があります)

4

1 に答える 1

3

これは可能ですが、最初に編集して美学dendextend:::ggplot.ggdendを受け入れるようにする必要があります(およびと)anglehjustvjust

ステップ 1: 編集dendextend:::ggplot.ggdend

newggplot.ggdend <- function (data, segments = TRUE, labels = TRUE, nodes = TRUE, 
          horiz = FALSE, theme = theme_dendro(), offset_labels = 0, ...) {
  data <- prepare.ggdend(data)
  #angle <- ifelse(horiz, 0, 90)
  #hjust <- ifelse(horiz, 0, 1)
  p <- ggplot()
  if (segments) {
    p <- p + geom_segment(data = data$segments, aes_string(x = "x", y = "y", xend = "xend", yend = "yend", colour = "col", linetype = "lty", size = "lwd"), lineend = "square") + 
      guides(linetype = FALSE, col = FALSE) + scale_colour_identity() + 
      scale_size_identity() + scale_linetype_identity()
  }
  if (nodes) {
    p <- p + geom_point(data = data$nodes, aes_string(x = "x", y = "y", colour = "col", shape = "pch", size = "cex")) + 
      guides(shape = FALSE, col = FALSE, size = FALSE) + 
      scale_shape_identity()
  }
  if (labels) {
    data$labels$cex <- 5 * data$labels$cex
    data$labels$y <- data$labels$y + offset_labels
    p <- p + geom_text(data = data$labels, aes_string(x = "x", y = "y", label = "label", colour = "col", size = "cex", angle = "angle", hjust = "hjust", vjust = "vjust"))#edited
  }
  if (horiz) {
    p <- p + coord_flip() + scale_y_reverse(expand = c(0.2, 0))
  }
  if (!is.null(theme)) {
    p <- p + theme
  }
  p
}

assignInNamespace(x = "ggplot.ggdend", ns = "dendextend", value = newggplot.ggdend)

ステップ 2: データ オブジェクトを作成する

gdend <- dendextend::as.ggdend(dend %>%
                        set('branches_k_color', k = 6) %>%
                        set('branches_lwd', 0.6) %>%
                        set('labels_colors', k = 6) %>%
                        set('labels_cex', 0.6),
                      theme = theme_minimal(),
                      horiz = TRUE)
gdend$labels$angle <- seq(90, -270, length = nrow(gdend$labels))
gdend$labels$vjust <- cos(gdend$labels$angle * pi) / (180)
gdend$labels$hjust <- sin(gdend$labels$angle * pi) / (180)

ステップ 3: プロット

ggd1 <- ggplot(gdend)
ggd1 <- ggd1 + theme(panel.grid.major = element_blank(),
                     axis.text = element_blank(),
                     axis.title = element_blank())
ggd1 <- ggd1 + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -3)
ggd1
ggd1 + coord_polar(theta = 'x')
于 2016-06-26T12:58:23.570 に答える