非常に複雑なサーコス プロットがあり、ラベルを揃えるのに問題があります。
この問題を示すために、再現可能な短い例を以下に示します。
ティラノサウルス・レックスのラベルのように、すべてのラベルが対応するセグメントからまったく同じ距離に配置されるように、すべてのラベルを適切に配置する方法がわかりません。ラベルの多くは隠れていて重なり合っており、プロットの端からの距離が異なります。どんな助けでも大歓迎です。
library("circlize")
circos.clear()
# create data
somelongnames <- c("homo sapiens", "arabidopsis thaliania", "Tyrannosaurus rex",
"some other long name", letters[seq(4)])
df <- data.frame(x = somelongnames,
y = c("this label is very far away from the plot", "Golgi",
letters[13:18]),
count = c(2, 10, 4, 5, 5, 1, 9, 3))
# set colours
ll <- unique(c(df$x, df$y))
grid.col <- rainbow(length(ll))
grid.col <- setNames(grid.col, ll)
# create plot
par(mar = c(1,1,1,1)*12, cex = 0.6, xpd=NA)
chordDiagram(df, annotationTrack = "grid",
preAllocateTracks = 1,
grid.col = grid.col,
directional = 1,
direction.type = c("diffHeight", "arrows"),
link.arr.type = "big.arrow")
circos.trackPlotRegion(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
xlim = get.cell.meta.data("xlim")
ylim = get.cell.meta.data("ylim")
sector.name = get.cell.meta.data("sector.index")
circos.text(mean(xlim),
ylim[1] + .1,
sector.name,
facing = "clockwise",
niceFacing = TRUE,
adj = c(-0.5, 0.1),
cex = 1,
col=grid.col[sector.name],
font = 2)
circos.axis(h = "top",
labels.cex = .6,
major.tick.length = 1,
sector.index = sector.name,
track.index = 2)
}, bg.border = NA)