約 6,000 のノードと 300,000 の相互作用のデータセット全体を既にインポートしており、相互作用のタイプに応じてすべてのエッジをフォーマットすることができました。現在、各遺伝子の代謝をノード属性としてネットワークにインポートしようとしています。ただし、いくつかの遺伝子は異なる代謝に関与しているため、各ノードを n 個の部分に分割するという考え方があります。ここで、n はその遺伝子が関与する代謝の数であり、各代謝にそれぞれ固有の色を使用します。

これにより、いくつかの問題が発生しています。特に、何らかの方法で属性をインポートすると、ノード テーブルが移動し、元のフォーマットがすべて失われます。つまり、一部のソース ノードがターゲット ノードになります。また、そのノードを繰り返さずに同じ遺伝子の複数の属性をインポートする最良の方法を見つけるのに苦労しています。たとえば、遺伝子 1 は Metab 1、Metab 2、および Metab 3 に関与しています。これら 3 つの Metab を 1 つの行/セルに含め、この情報を使用してノードを分割する方法はありますか?または、3 つのエントリを作成する必要がありますか?それぞれの代謝？

前もって感謝します。

グラフ上のすべてのノードについて、次数、近さ、中間中心性を計算する必要があります。cy.ready()現在、イベント後に各ノードで Cytoscape.js に組み込まれている関数を使用しています。ただし、グラフが非常に大きいため (250 以上のノード、650 以上の接続)、計算に時間がかかりすぎます。誰でもより効率的な方法を提案できますか?

レミゼラブル ネットワークのグラフを生成するためのコードを統合して、Cytoscape を R Shiny と統合できるかどうかを確認するための出発点として試みています。

ここでコードを見つけてください: https://www.r-bloggers.com/network-visualization-part-5-cytoscape-an-update-rcy3/

Rでエンドツーエンドでコードを実行および実行することはできますが（正しいRCy3バージョンとCytoscapeとの接続を使用）

この統合を Shiny と Cytoscape でどのように達成できるか、誰かが私を助けてくれますか?

私は1つの参照を見つけました

https://github.com/rmflight/shinyCytoscapeしかし、私にはあまり役に立たない

ノードからルートへのクリック時にすべてのノードとパスを強調表示しようとしています。

このリンクで部分的な例を見つけました- CYTOSCAPE JS で2つのノード間のパスを強調表示する方法。

上記のリンクのコードは、ダイクストラのアルゴリズムを使用して最短パスを見つけます。しかし、データに示されているように、実際のパスが必要です。

たとえば、次のデータを考えてみましょう。

リンクのコードを使用すると、ソースが a でターゲットが f の場合、ツリーのハイライトは次のように機能します。

ダイクストラのアルゴリズムによるツリーの強調表示

誰かがデータで与えられたパスをトレースして強調表示するのを手伝ってくれるなら、それは非常に役に立ちます.

CytoscapeでBreadthfirstレイアウトのツリーを作成しています。

レイアウト オプションで、ノードをルートとして設定しました。しかし、ルート ノードとして 2 つのノードを持つことができる方法はありますか? サイトスケープ参照には、次の方法でレイアウトオプションがあることがわかります。

これで、ID を使用して個々のノードをルート ノードとして設定できるようになりました。例えば：

どうすればこれを行うことができますか?この画像に示されているように、1 つのツリーに複数のルートがありますか?

複数のルート ツリーの表現

私はサイトスケープを使用して以下を生成しています。しかし、ノードを正確にクリックすると機能しませんが、オフセット(ノードまたはエッジから少し離れた場所)でクリックすると、クリックイベントが発生します。

下の図では、ノードまたはエッジを正確にクリックするとクリックイベントが発生しませんが、ノードとエッジから離れた赤と黒のドットをクリックするとクリックイベントが発生します。ノードをクリックすると起動したい（赤いペンで丸められている）。私を助けてください。

コード：

Cytoscape js コード:

ここで、graphDiv は私の div であり、同じ div に他のコンポーネントはありません。