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Cytoscapeのシンプルなアプリ(プラグインのようなもの)を作りたいです。

なので、.jarファイルを作ってCytoscape Programにインストールする必要があります。

私の問題は次のとおりです。

2ケース紹介します。

6 つのクラス (A、B、C、D、E、F) と 2 つの .jar ファイル (他の API を表す) があります。

(CytoscapeLeapMotionApp) がメイン クラスです (実際にはメイン メソッドは含まれていませんが、App がインストールされたときに最初に実行されるクラスです)。

C、Eは私が作ったクラスです。

B、Dは1.jarに入っています。

F(Listener) は 2.jar(leap) にあります。

• ケース1

  A が B を拡張する

  C インスタンスは A で作成されます

  CはDを拡張します

  E インスタンスは C で作成されます

  E は F を拡張します

結果：

• ケース 2

  A が B を拡張する

  C インスタンスは A で作成されます

  CはDを拡張します

  F インスタンスは C で作成されます

結果：

よし、エラーなし！

以下は、E が F を拡張したものです。

cytoscape jsライブラリを使用してグラフを作成できます。私はこのチュートリアルに従っており、このように実装しています。

コード：

私の実装では、ノード d と g の間のパスを強調表示する必要があります。

ノード間のパスを見つけて強調表示するにはどうすればよいですか?

cytoscape.js (「Animated BFS」) のサンプルを変更し、いくつかのノードを追加しました。

そして、これは私が取得した結果のグラフです（手動でキュレーションしました）：） したがって、たとえばノード「a」を選択したいだけで（クリックするか、ユーザー入力で変数に保存します）、すべての子が残るはずです表示されますが、他のすべては一時的に消えます。次のような写真が残っています。

Cytoscape.js では、どうすればそれを行うことができますか:

1. ノード「a」を選択し、すべての子ノードを表示したままにして、他のノードを非表示にします。
2. そして、「a」の子+孫が必要な場合、コマンドは異なりますか?
3. また、私の最後の質問: ノード 'a' には、ノード "addinf: 'sometext'" に関する追加情報があります。

前もって感謝します！

Cytoscape JS を使用してネットワークを作成しています。これは大規模なネットワークであり、読みやすくするためにいくつかのノードを非表示にする必要がありますが、非表示のノードを含めずにネットワークを再描画できません。一部のノードを非表示にした後、自動レイアウトを使用して再描画するにはどうすればよいですか?

Cytoscape.js でグラフの外側のノードにカーソルを合わせると、qTip ダイアログが表示されません。

外側のノードにホバリングしたときに qTip バブルを表示する方法はありますか? 上半分のノードに qtip ポップアップを表示できますが、グラフの両側にはあまり表示できません。特に下半身に向かって。

.sif (simple interaction)遺伝子発現値と遺伝子名のみを含む遺伝子マイクロアレイ発現 .tab ファイルからファイルを生成する方法は? Expander ソフトウェアと MeV を使用しており、 の入力ファイルを作成したいと考えていますCytoscape and Spike software。その目的のためのRパッケージまたは特定のプラグインまたはソフトウェアはありますか?

事前に計算された遺伝子間の相関に基づいて、手動で .sif ファイルを作成できます。

ただし、他のメトリックを使用して自動的に生成する方法はわかりません。

ありがとう

ネットワーク全体の残りのエッジやノードの幅に影響を与えずに、接続されているノードまたは単にエッジであるいくつかのノードを選択するときに、選択したエッジの幅を大きくするように事前定義するにはどうすればよいですか?

ノードまたはエッジが選択されているときに、これを事前定義しました。

がない'line-width'ので、配置'width': 5すると、すべてのエッジとノードに適用されます。

では、選択したときにエッジ幅を変更して、グラフの残りの部分を同じままにするにはどうすればよいでしょうか?

前もって感謝します！

私はサイトスケープが初めてです。ネットワークのエッジの幅を特定の数にしたいと考えています。

私のファイルは次のようになります。

ノード1 ノード2 34.04ノード3 ノード2
56.89ノード4
ノード5 8.09ノード1 ノード4
10.54

ネットワーク ファイルをインポートするときに、列 3 を「相互作用」として選択します。次に、列 3 の数値は文字列列になり、連続したマッピングには使用できません。同じテーブルをノード属性としてインポートすると、文字列列にしか取得できません。

私はマニュアルを調べて、たくさんグーグルで検索しようとしましたが、この問題を抱えているのは私だけのようです. どうすれば解決できますか？ありがとう

R を使用して、グラフ オブジェクト (igraph) を RESTful API 経由で Cytoscape に送信しています。これは完全に機能しています。私が抱えている問題は、グラフが動的であり、各ノード/エッジに作成/終了日があることです.Cytoscapeで動的な視覚化を行うことは可能ですか? dynNetwork を含むさまざまなプラグインを使用してみましたが、これは XGMML 形式のネットワーク ファイルを探します。

この種の作業を行う Cytoscape プラグインに出会った人はいますか?

または、igraph オブジェクトを XGMML 形式で出力する R パッケージはありますか?

どうもありがとう。