問題タブ [cytoscape]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
python - 相関データフレームを辞書に変換 {key = (sample_x,sample_y), value = correlation}
だから私はこれらの2つの投稿に非常に似ていることをしようとしていますが、いくつかの違いがあります. 1つは、csvファイルが必要ないため、csvモジュールがなく、RではなくPythonで実行したい.
Cytoscape の隣接行列を Edgelist (csv ファイル) に変換する
入力：
出力：
私は（@jezraelによって丁寧に提供されたコード）DF_sCorrを使用して冗長行列から処理された非冗長相関行列を持っています。np.tril
key=tuple(sorted([row_sample,col_sample])キーがサンプル{ie }のソートされたタプルであり、値がそれらの値である辞書に折りたたみたいと思います。sif_format以下に、sif 形式 (形式の 3 列のテーブル) に類似した辞書を生成する関数の例を書きましたsample_x interaction_value sample_yが、非常に時間がかかります。
この種の表を整理する最善の方法は辞書だと思いました。これを行うには、もっと効率的な方法があるように感じます。おそらくブール値のみを処理していますか？私が使用している実際のデータセットは〜7000x7000です
このタイプの処理を効率的に実行できるnumpy、pandas、scipy、またはを含む関数があるかどうかはわかりません。networkx
DataFrame.to_dict() はこれでは機能しません
cytoscape.js - PPI jsmol の cytoscape.js。cytoscape.js と cytoscape の主な違い
PPI および 3D 構造用の Web アプリケーションを実装したいと考えています。cytoscape.js が cytoscape よりも優れているかどうか知っている人はいますか?
nlp - [単純な問題]: .net ファイル (単語/オカレンス) を cytoscape にインポートします...どの属性がどれですか?
テキストのコーパスを取得し、VosViewer に入れてネットワークを作成しました。この .net ファイルを gephi にインポートすると、問題なく動作します。セマンティック ネットワークが得られます。私は、サイトスケープにインポートするためにどの属性を選択するかについて少し行き詰まっています。これはネットワークの CSV ファイルです (.net インポートは機能しません)。どの列を何として選択するかを知る必要があります。
各列には、次のいずれかとしてインポートするオプションがあります。
- ソース ノード
- インタラクション タイプ
- エッジ属性
- ソース ノード属性
- ターゲット ノード属性
cytoscape.js - cytoscape.js がスタイルをインポートしない
私は cytoscape.js 2.7.5 を使用して、Cytoscape Desktop によってエクスポートされたグラフを、 を含む Javascript ファイル graph.js に変換された graph.cyjs として表示します"var graph = ... the content of the cyjs file ...;"。次の HTML では、ノードとエッジが表示されますが、スタイル (色、ノード名として使用する属性) はインポートされません。スタイルもインポートするにはどうすればよいですか?