距離行列からグラフをプロットするプログラムを書いています。正常に動作しています。ここで、特定のノードと特定のエッジを選択した特定の色にします。それ、どうやったら出来るの？

プログラムはPythonであり、NetworkxとGraphvizを使用します

ページ内のリンクをノードで構成されるネットワークグラフとして表示したい。したがって、javascriptまたはjQueryで使用できる視覚化ライブラリまたはプラグインを提案してください。特定のページのリンクがどこに行くのかを示したい。

正方バイナリ行列をグラフに変換できることは知っています。たとえば、以下の matlab マトリックスで gplot を使用すると、グラフに変換できます。

グラフで表すことができます

しかし、次のような長方形の行列を変換する方法があるのだろうか

matlabまたは他の言語でグラフに変換しますか?

また、私の行と列は異なる変数です。

networkxを使用してグラフを生成し、それをvizualization用の.dotファイルとしてエクスポートしました。

.dotファイルは問題ないように見えます。作成したノードとノード属性、およびエッジデータ（via以下）がすべて揃っています。

私の問題は、Linuxでこのデータをどのように可視化するかです。gephiを試してみましたが、その中で最も有能なように見えますが、エッジ属性を検出しません（via）。

データをインタラクティブに探索できる必要があります。

これは同じ動作を示す簡略化されたドットファイルです

networkxでは、このように作成します

私が試したもう1つのビューアであるZGRViewerも、そのデータを表示しません。

アップデート

Cytoscape 3.0.0-beta1では、networkxでエクスポートされたGMLファイルを次のようにインポートすると、このエラーが発生し、cytoscape2.8.3でも同様のエラーが発生します。

エラーは

Cytoscape2.8.3のエラーは次のようになります。

GraphVizでプロセスのコレクションを視覚化しています。各プロセスは、プログラム順にいくつかの読み取りまたは書き込み操作で構成されます。当然、各プロセスに対して左から右の順序で操作を配置することが望ましい。

GraphViz（バージョン2.28）を使用すると、私のコードは次のようになります。

申し訳ありませんが、評判の低い出力画像を投稿することは許可されていません。コードを実行できる場合は、pid = 3で処理中の順序が狂っているため、結果がそれほど満足のいくものではないことがわかります。具体的には、GraphVizレイアウトアルゴリズムが（理想的な）順序を「wf2->wz2->wa1」に再配置しました。 -> wx3"から"wx3、wf2、wz2、wa1"。したがって、私の問題は次のとおりです。

私の問題：ランク環境で左から右へのノードの順序付けを強制する方法は？

このサイトを探索して、私はいくつかの同様の問題と潜在的な解決策を見つけました。ただし、私の特定の例では機能しませんでした。

• Graphviz .dotノードの順序：constraint = falseオプションを使用すると、PDF画像が悪化しました。私はドットのユーザーズマニュアルをチェックしました：

  ランクの割り当て中、エッジのヘッドノードはテールノードよりも高いランクになるように制約されます。ただし、エッジにconstraint = falseがある場合、この要件は適用されません。

  上記のステートメントに基づいて、（おそらく）constraint = falseオプションは、同じランクではなく、異なるランク間で有効になります。

• Graphviz ---ランダムなノードの順序とラベルを通過するエッジ：驚いたことに、constraint = falseオプションは、同じランクの「有限状態マシン」に大いに役立ちました。繰り返しますが、それは私をトラブルから救うことはありません。

• graphviz：ノードの順序を維持しながらの円形レイアウト：プロセスグラフは、ノードの数とエッジの両方で動的です。したがって、ノードの絶対位置を使用することは魅力的ではない可能性があります（多くのエッジ交差を引き起こすためですか？）。

  提案をありがとう。そして、実行可能コードは非常に高く評価されます。

Windows 7 でGraphViz 2.28 (現在の安定版)を使用していますが、次のコードで Graphviz/Dot がクラッシュします。

この例でいくつかの実験を行うと、事態は奇妙になります。

1. 最後のステートメント「wx2 -> wx1[style = dashed, color = red, label = "1"];」のみの場合にうまく機能します。削除されます。
2. 8行目「{rank = same;0;wx1;wx2;rx1;}」のみを削除するとうまくいきます。
3. 最後のステートメントのラベル (つまり、", label = "1"")のみが削除された場合にもうまく機能します。

問題をGraphviz Issue Trackerに報告しましたが、まだ返信がありません。原因究明にご協力いただけないでしょうか。

ありがとうございました。

booggie はグラフを GraphML 形式で保存し、グラフ視覚化ツール Gephi で開くこともできます。

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booggie 2では、グラフをyEdのgraphML-Formatにエクスポートできます。ただし、メタモデルのノードとエッジタイプの定義が、視覚的な外観を制御できるようにどのように表示されるかはわかりません。

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各フレームで、グローバル補間パラメーターを通常 0 から 1 に更新するだけで、CPU から GPU へのデータ量を最小限に抑えたいと考えています。

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高品質のテキストを図形と一緒に重ねることができることは、大きなプラスです.

どのライブラリ/API をお勧めしますか?

oglplus は良い候補だと思いますが、私のタスクに対してレベルが低すぎるかどうかはわかりません。

ハッシュに保存した座標点を通る実線を、可能であれば3Dで描画したいのですが、最初は2Dである可能性があります。

時間の経過とともに線が引かれているのを確認できるように、約10ポイント/秒で処理したいと思います。

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