問題タブ [graphml]

「graphml」ファイルを入力として使用して、graphvisでグラフを描画するにはどうすればよいですか。この目的のために付属していることは
知っていますが、コマンドプロンプトからこのコマンドを実行しようとすると、このメッセージが表示されますgraphvizgraphml2gv
cvtgxl: not configured for conversion from GXL to GV

jruby-1.7.6 と neo4j 2.0.1 を使用しています。

提供するPacer Gemとpacer-neo4j gemがあります。

これは、GraphML ファイルを neo4j にインポートするために使用できます。

GraphSON ファイルをどうするか? ruby 経由で GraphML ファイルを neo4j にインポートする唯一の方法は pacer ですか?

かなり大きな .graphml ファイル (~7GB) がいくつかあり、NetworkX を使用してこれらのファイルに対していくつかのアルゴリズムを実行したいと考えています。これらのgraphmlファイルを読み込もうとするたびに：

次の出力が得られます。

これは、ファイルを開こうとしたときにコンピューターのメモリが不足したために発生したと想定していますが、大きな .graphml ファイルを処理しながら NetworkX を使用する方法はありますか?

私は NetworkX をかなり使いこなしており、便利だと思っています。そのため、大きな graphml ファイルに対する何らかの回避策があれば、それを感謝します。

GraphML の次の単純な 2 部グラフについて考えてみましょう。

次に、この R セッションについて考えてみましょう。

グラフオブジェクトは問題ないように見えますが:

私の igraph バージョン 0.7.1は文句を言います:

何故ですか？単純なグラフはアプリオリに有効なようです。

JUNG を使用してグラフを作成し、GraphMLWriter を使用して GraphML に書き出しています。addVertexDataメソッドとaddEdgeDataメソッドを使用し<data>て、XML へのタグ出力を取得できます。

たとえば、次のものが得られます。

を使用してトランスフォーマーを追加することによりaddEdgeData

エッジ ノード自体に XML 属性を追加する方法はありますか。たとえば、次のようにすることはできますか?

私の修士論文では、ネットワーク分析を行う必要があります。最初に Java を使用して、ツイート データをエッジと頂点の属性を持つエッジ リストに再構築します。

Java で作成した csv ファイルを RI にインポートした後、エッジ データから頂点データ フレームを作成し、最終的に igraph パ​​ッケージを使用してグラフを作成します。

write.graph でグラフを保存した後、後日再度インポートする必要があります。read.graph を使用すると、最初はデータが適切な UTF-8 ではないというエラー ( Graphml parse errorと同様) が発生したため、iconv() を使用してそれを防止しました。

今、私はエラーを受け取ります:

どうやら、graphml ファイルに無効な XML 文字が含まれているようです。再構築プロセス中にこれらの文字を削除するはずだった Java プログラムで replaceAll() を使用して、最初に無効な文字を防止しようとしましたが、見つかったすべての正規表現は役に立ちませんでした。1 つの式がエラーを 3 ではなく 16 の char 値に変えましたが、残念ながらもう見つけることができません。

上記のエラーをそれぞれ防止する、すべての可能な無効な文字に一致する式を教えてもらえますか?

データを再構築する Java コードは次のとおりです。

egde リストは別の方法で csv としてファイルに書き込まれますが、それを表示することはあまり重要ではありません。

エッジ リストをグラフに変換する R コード (デモンストレーションの目的のためにパスを短くしました):

エラーをスローする R スクリプト:

すでに助けてくれてありがとう！