問題タブ [iranges]

私は、data.frameそれぞれの線形間隔で構成されるを持っていますid:

each ごとに交差するすべての間隔を統合する効率的な関数を探していますid。結果はdf次のようになります。

そのため、最終的には、それぞれの結合された間隔をすべて合計してid、結合された長さを取得できます。

これは、やや単純なプログラミングの問題を想定していますが、苦労しています。主に、適切な言葉を知らないためでしょうか。

「範囲」のセット (1-以下の数値のセット、2-IRanges、または 3-GenomicRanges の形式) が与えられた場合、それをより小さな範囲のセットに分割したいと思います。

例の始まり:

休憩のサイズの例: 2000

新しいデータセット:

私はこれを R で行っています。これらを で簡単に生成できることはわかってseqいますが、新しいリストを作成するたびに手動で行うのではなく、地域のリスト/df に基づいて実行できるようにしたいと考えています。地域の。

seq を使用して作成した例を次に示します。

与えられた 22 の染色体をループして、それぞれをバラバラに分解する

これは問題なく動作します。これには制限があるため、これをワンライナーまたはより柔軟にするためにパッケージに組み込まれているものがあるかどうか疑問に思っています。

参照ゲノムが更新されたので、この最後のリリースで新しい座標を見つけるために、古い配列 (bed ファイルから) から fasta を取得する必要がありました。

それで、「my.fasta」という名前の私のfastaファイルから（35のシーケンスで）

これに従って「DNAStringSet」オブジェクトを作成しました。

最後に、rGADEM を使用して fasta から座標を抽出しようとしました。

つぼみは機能しませんでした。fasta ファイルから座標を抽出するにはどうすればよいですか? IRange、ベッド、またはそのようなものが必要です。ありがとうございました。

GRanges リストのループ処理に問題があります。

myfeatureにはオブジェクトのリストが含まれています:

...

そして私のintervalは次のようなものです：

機能ファイル (例: $FOS) 内の各オブジェクトに対して、私ができること

オブジェクトごとにすべて問題ありませんが、使用しようとするlapplyと、2番目のステップが機能しません

私は得る：

また

助けてくれてどうもありがとう