問題タブ [maxent]

biomod2Rのパッケージを使用して、いくつかの種分布モデルに適合させようとしています.

biomod2エラーをスローする MaxEnt を除くすべての手法を使用して、モデルにうまく適合するように、必要なすべてのデータをコンパイルしました。

biomod2これは、MaxEnt または Java を見つけることができなかったことが原因である可能性があると考えましたが、パッケージをロードし、同じ R セッションでパッケージrJava内の MaxEnt を実行しようとしましたが、正常に動作しました。dismo

何が起こっているのか誰にも分かりませんか？

ありがとう、アンドリュー

以下を使用して、Linux のコマンド ラインから gui を起動できます。 java -mx1500m -jar maxent.jar

html 出力ファイルには、完全なコマンド ラインが含まれています。 java density.MaxEnt nowarnings noprefixes -E "" -E species1 responsecurves jackknife outputdirectory=/home/user/Documents/output samplesfile=/home/user/Documents/species1.csv environmentallayers=/home/user/Documents/allfiles noaskoverwrite randomtestpoints=20 -N 1 -N 10 -N 11 -N 12 -N 13 etc etc

しかし、これを実行することはできません。何か案は？

私は、形質 A を持つ種が形質 B を持つ種よりもニッチの幅が広いかどうかをテストすることに興味があります。私は Maxent 種分布モデリングを使用しています。種ごとに 100 個のブートストラップ複製 Maxent 種分布マップを生成した後、ENMtools の関数を使用して、Levins の B を使用してニッチ幅を計算し、種ごとにニッチ幅の 100 の推定値を得ました。

1) 形質 A と形質 B を持つ種の単一のペア、および 2) 形質 A と形質 B を持つ種からなる種のペアのグループに使用できる統計テストは何ですか?

また、疑似複製データを本当に扱っているのでしょうか?

任意の支援をいただければ幸いです。

編集、データを下に貼り付けます。Maxent と ENMTools のスタンドアロン バージョンを使用しているため、コードはありません。R を使用して、t 検定と符号検定を使用してデータの分析を試みました。それ以外の場合、追加するコードはありません。

サンプルデータ：

私は 100 万件のラベル付き文のデータセットを持っており、Maximum Entropy を通じてセンチメントを見つけるためにそれを使用しています。私は同じためにスタンフォード分類子を使用しています:-

私のデータには 0 または 1 のラベルが付けられています。現在、ツイートごとにデータセット全体が読み取られており、データセットのサイズを考慮すると多くの時間がかかっています。私の質問は、最初に分類子をトレーニングしてから、ツイートの感情が見つかったときにそれをロードする方法があるということです。このアプローチは時間がかからないと思います。私が間違っている場合は修正してください。次のリンクはこれを提供しますが、JAVA API には何もありません。 分類子の保存と読み込み 助けていただければ幸いです。

誰かがここで私を助けてくれることを願っています。私は生態学者であり、修士論文の一環として、R の maxent ( https://www.cs.princeton.edu/~schapir/maxent/ ) 関数を Dismo パッケージで使用して、種の分布を作成しています。

スクリプトの特定のポイント (正確にはモデル自体を参照するポイント) で、次のコマンド ラインを使用しています。

そして、次のエラーメッセージが表示されます。

コマンドを数回やり直し、すべての引数を調べた後、エラーを生成する引数はreplicates = 10であるという結論に達しました。これは、テンプレートを 10 回複製することを意味します。少数のレプリケーションで実行しましたが、最大 9 回までエラーは発生しませんでした。

実際、私はプログラマーではありませんが、この問題を解決する必要があり、誰かが私を助けてくれることを願っています。

どうもありがとうございました。

最高の、

ラミロ。