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python - MDAnalysis を Python 用 Google Colaboratory にインストールしてインポートしますか? 問題

MDAnalysisおよび MDAnalysisTests ライブラリを Google Colaboratoryにインストールしてインポートしようとしています。3 つの方法を試しましたが、うまくいきません。

  1. デフォルトの使用: !pip インストール ライブラリ

しかし、私は得る：

この種のエラーは、補完的なライブラリの欠如などに関連していると読みましたが、詳細情報がどこにあるのかわからないので、このフォーラムの誰かが MDAnalysis が特定の何かを再クエリするかどうかを知っていることを願っていました. Egg_infoが何であるかはわかりません。検索すると、コードにテキスト#egg=が含まれる例が見つかりましたが、このオプションについては、前回の試行で詳しく説明しています。

  1. デフォルトの使用: !apt-get -qq install -y ライブラリ

出力：

どちらも機能しません。

  1. GitHub から

プレビューの質問で、GitHub からライブラリをインポートできることを発見しました! 素晴らしい！(正直なところ、私は構文をまったく理解していませんでした)、MDAnalysis GitHub リポジトリを探して、次のコードを書きました。

出力：

git+git:、git+ssh: のバリアントを見つけましたが、機能しませんでした。

これは Colab で動作する MDAnalysis の特定の問題ですか? またはコードに何か問題がありますか？「MDAnalysis」を「mdanalysis」に変更してみました。Colab のガイドに従って、このフォーラムに質問をインストールしてプレビューしましたが、結果が得られませんでした。読んでくれてありがとう。

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python - Python は .def ファイルを読み取ることができません。その理由がわかりません。

私は問題があります。ここからスクリプトを使用しますhttps://github.com/NMRLipids/MATCH/tree/master/scripts Python 2.7を使用します（Anaconda、MDAnalysis、numpyなどをインストールしました）最初にこのスクリプトを使用します

そして、このスクリプトを使用しました (注文の最後の行 parameters_calculate.sh が

これは calcOrderParameters.py のコード全体です

そして、私はエラーが発生します

なぜこのエラーが発生するのかわかりません。私は defFILE.def を持っています - 私が持っているターミナルで ls を書くとき

私のdefFile.def：

何が問題になるでしょうか？

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python - pythonを使ったMD解析

これを実行しようとしています (python3 traj_orientation-group.py -g fnIII-9_ps20_Nchain6_T298_nw.gro -x fnIII-9_ps20_Nchain6_T298_nw.xtc -o fnIII-9_ps20_Nchain6_run1.phrsn-orientation -- protein_res_start 1 -- protein_res_stop 89 –group 51 542 53 5 55) MD 分析のために、以下のようにしました。

使用法:traj_orientation-group.py [-h] [-g GROFILE] [-x XTCFILE] [-o OUTFILE] [-- protein_res_start PROTEIN_RES_START] [-- protein_res_stop PROTEIN_RES_STOP] [--group GROUP [GROUP ...]] traj_orientation-group.py: エラー: 認識できない引数: –group 51 52 53 54 55

これを手伝ってくれませんか！


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