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python - MDAanalysis を使用した PCA (python3.7)
私は計算化学の分野で働き始め、分子動力学の軌跡について主成分分析を行うように依頼されました。私は MDAnalysis パッケージを使用するように言われたので、彼らのページで 1 つのチュートリアルを見つけて、それを実行しようとしました (ただし、もちろん私自身の入力を含めました)。私はこの広告のような分析を行ったことがなく、Python コーディングも初めてです。チュートリアルに触発されたコードを添付しました。しかし、それは私にとってはうまくいきません。多くのエラーが発生します.エラーの1つは、入力を受け取ることができないことです（トポロジはPDBファイル、座標はXTCファイルです）が、それらはサポートされているフォーマットにリストされているフォーマットまたは他のエラーです. 「クラス PCA」は定義されていません。他の人からの MDAanalysis を使用して PCA を処理することについてあまり見つけられなかったので、ここで誰かを見つけられることを望みました。このようなことをしたことがある人は、私を助けてください。関連するサブレディットをすでに試しましたが、結果はありません。
python - MDAnalysis を使用して MD 軌跡ファイルから 1 つのチェーンを抽出する
MDAnalysis を使用して、分子動力学の軌跡 (xtc ファイル) から 1 つの鎖を抽出したいと考えています。非常に単純なものだと思っていましたが、エラーが発生し、なぜエラーが発生するのかわかりません。コードは次のとおりです。
エラーが返されます: AttributeError: AtomGroup has no attribute segids
MDAnalysis ページでは、「segid」は「.select_atoms」とともに使用されます。従来の PDB ファイルではなく、軌跡ファイルを持っていることが問題ですか?
python - その dcd ファイルからの水分子の時系列データ
dcd ファイルから水分子の時系列データを含むファイルを作成しようとしています。MDAnalysis モジュールまたは関数のいずれかを使用してこのデータを生成することは可能ですか? または、このファイルを生成するための Python スクリプトはありますか?
DCD ファイルを入力として使用して、2 つの列 (1 つは水分子の z 座標、もう 1 つはそれぞれの時間ステップ) を含むこのファイルを生成する必要があります。
python - MDAnalysis を使用した動径分布関数の取得
GROMOS54a7 で簡単なベンゼン シミュレーションを実行しています。MDAnalysis 1.0.0 を使用して、各ベンゼン分子の重心の RDF を計算したいと考えています。
これは可能ですか？Jupyter Notebook で次のコードを使用して、C 分子 g_cc(r) の rdf を作成しました。
各ベンゼン分子 (各ベンゼン分子は私のシミュレーションでは残基です) を取得し、その COM を計算して、上記のようなスクリプトを実行します。そのようなことは可能ですか？
RDF に関する一般的な質問: 上記で使用した方法は、軌跡のすべてのフレームを使用して RDF を構築しますか? これがドキュメントで明確にされているかどうかわからないので、これが明らかな質問である場合はお詫び申し上げます。
アドバイスありがとうございます！