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mdanalysis - MDAnalysis を使用してタンパク質の重心を計算するには?
私は少し異常な状況にあります。残基名に従って、1 つのファイルに 7 つの異なるタンパク質が保存されています。各タンパク質の配列の長さは異なります。次に、各タンパク質の重心を計算し、時系列データを生成する必要があります。単一のタンパク質を扱う方法は知っていますが、複数のタンパク質システムを扱う方法は知りません。単一のタンパク質の場合、次のようなことができます。
データ ファイルはここで公開されています。トポロジ ファイルの残基シーケンスはgrep "^ *1[A-Z]" -B1 lp400final.gro | grep -v "^ *1[A-Z]"、出力を使用して確認できます。
最初のタンパク質は 38 残基の配列長を持ち、それ自体のコピーを持ち、次に 2 番目のタンパク質などを持ちます。ここで、各時間枠で各タンパク質の COM を取得し、それを時系列に組み込みたいと考えています。タンパク質トポロジーファイルに加えて、DPPC 粒子も含まれています。Could someone help me how to do this?ありがとう！
出力軌跡が正しいことを確認するには、次のように表示されます。ここにリンクの説明を入力してください