問題タブ [ncbi]

私のスクリプトでは、Web から XML ファイルをダウンロードし、そのコンテンツを印刷しています。問題は、ブラウザでコンテンツを印刷しないことですが、使用すると端末で正常に印刷されます

私が使用するときのもう1つのこと：

ブラウザでxmlのコンテンツを正常に印刷しますが、使用する場合：

ブラウザでコンテンツを印刷しませんが、ターミナルでコンテンツを正常に印刷します。

編集:機能しません。コードが役立つ場合:

染色体の Genbank 識別子を指定して NCBI にクエリを実行し、Biopython を使用して位置を開始および停止するにはどうすればよいですか?

このページの ap 要素からコンテンツを取得しようとしています。ご覧のとおり、ソース コードには、必要なコンテンツを含む段落があります。

実際には、ステータスの値を取得したいと考えています。これが私のPHPコードです。

それが返す

["ノード値"]=> 文字列(0) ""

何か案が ？

ありがとう！

異なるシーケンスでいくつかの BLAT クエリを実行し、結果に対して複数のシーケンス アラインメントを実行したいと考えています。

Python を使用してこれらの BLAT クエリを実行するにはどうすればよいですか?

BLASTを使う方法があることは知っていますが、BLATについてはよくわかりません。

初めてBiopythonを使用しています。未知の生物の配列データがあり、BLAST を使用して、それらがどの生物に由来する可能性が最も高いかを判断しようとしています。私はそれを行うために次の関数を書きました：

正常に動作しますが、種ごとに生物を取得するのに約 2 分かかります。これは非常に遅いように思えます。私はもっ​​とうまくやれるかどうか疑問に思っています。パフォーマンスを向上させるために NCBI のローカル コピーを作成する可能性があることはわかっています。ただし、最初に BLAST にクエリを実行し、次に ID を取得してそれを使用して Entrez にクエリを実行するのは適切ではないと思います。改善のための他の提案はありますか？
ありがとう！

以下を実行すると;

検索が非常に難しい「Bio.Entrez.Parser.DictionaryElement」が返されます。アミノ酸配列を取得すると言いたい場合は、次のように入力する必要があります。

これらの結果の要素にインデックスを付けるためのより簡単な方法が必要であることはわかっています。誰かが私にこれを貸してくれるなら、とても感謝しています。

PubMed Central から XML ドキュメントを解析していると、次の例のようにネストされたテーブルを含む段落が見つかることがあります。Rでテキストを取得してテーブルを除外する方法はありますか?

ネストされたテーブルの行を含まない段落を返したいと思います。

GEOSoftRでNCBIからファイル内のデータを分析する方法はありますか? 私はそれを式セットに変換し、 でフィッティングしてからlmFit()を使用しようとしましたeBayes()が、結果を見るために使用topTable()すると、調整された値P.Valuesは常に列全体で一定です。

どんな助けでも、正しい方向を指していても大歓迎です。

よろしくお願いします