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基本的に私はこれらのファイルを持っています (NCBI の medline)。それぞれが雑誌のタイトルに関連付けられています。それぞれに 0、1、またはそれ以上の genbank 識別番号 (GBID) があります。ファイルごとの GBID の数を各ジャーナル名に関連付けることができます。私の問題は、同じジャーナルに複数のファイルが関連付けられている可能性があり、ファイルごとの GBID の数をジャーナルごとの GBID の総数に追加する方法がわからないことです。

私の現在のコード: jt は雑誌のタイトルを表し、ファイルから適切に引き出されます。GBID は、検出されるたびにカウントに追加されます。

...この時点まで、最初の検索が実行されます。各「pmid」は単一のファイルと考えることができるため、各「フェッチ」はすべてのファイルを一度に1つずつ調べます...

私の結果：

基本的に、ウイルス学のアーカイブ = 15 と言うようにするにはどうすればよいでしょうか。ハッシュを試してみましたが、ウイルス学の 2 番目のアーカイブが最初のアーカイブを上書きしてしまいました... 2 つのキーの値をハッシュに追加する方法はありますか?

完全なコード:

基本的に私はこれらのファイルを持っています (NCBI の medline)。それぞれが雑誌のタイトルに関連付けられています。それぞれに 0、1、またはそれ以上の genbank 識別番号 (GBID) があります。ファイルごとの GBID の数を各ジャーナル名に関連付けることができます。私の問題は、同じジャーナルに複数のファイルが関連付けられている可能性があり、ファイルごとの GBID の数をジャーナルごとの GBID の総数に追加する方法がわからないことです。

私の現在のコード: jt は雑誌のタイトルを表し、ファイルから適切に引き出されます。GBID は、検出されるたびにカウントに追加されます。

完全なコード:

私の結果：

基本的に、ウイルス学のアーカイブ = 15 と言うようにするにはどうすればよいでしょうか。ハッシュを試してみましたが、ウイルス学の 2 番目のアーカイブが最初のアーカイブを上書きしてしまいました... 2 つのキーの値をハッシュに追加する方法はありますか?

私は、GI番号によって一意に識別されるいくつかのシーケンスを含むローカルデータベース駆動型のWebサイトを持っています。GIを直接与えられた「NCBIブラストサイト」にリンクすることは可能ですか？たとえば、GI903049のシーケンスには次のリンクがあります。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049

このブラストページにリンクしています：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&QUERY=U22848.1&DATABASE=nr&MEGABLAST=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&LINK_LOC=nuccore&PAGE_TYPE=BlastSearch

NCBIに行かなくても、このサイトに直接リンクしたいと思います。ありがとう。

重複の可能性: SimpleXML での
属性値の選択
SimpleXML: 特定の属性値を持つ要素の選択

XML ドキュメントを解析して、特定の ID を探しています。ID 値は、属性「pii」の下の ArticleId 要素で提供されます。生の XML:

参照用のドキュメント全体は次のとおりです。

simplexml_load_file() を使用して、ドキュメントを反復処理して値を取得しています。ArticleId 要素にアクセスする方法は次のとおりです。

問題は、ArticleId の属性の順序がランダムであることです。一部の ArticleId 要素は、2 番目の要素に「pii」値を含み (以下を参照)、他のレコードは 2 番目の要素に異なる属性 (「doi」) を持ちます。

変化：

生の XML で属性「pii」によって識別される「S0002...」ID を探しています。

特定の属性に基づいて値を確認/取得するにはどうすればよいですか?

This is what I want to do. I have a list of gene names for example: [ITGB1, RELA, NFKBIA]

Looking up the help in biopython and tutorial for API for entrez I came up with this:

But this keeps erroring out. I have discovered that if the id is a numerical id (although you have to make it in to a string to use, '186972394' so:

This gets me the info I want which includes the sequence.

So now to the Question: How can I search gene names (cause I do not have id numbers) or easily convert my gene names to ids to get the sequences for the gene list I have.

Thank you,

公開された結果ページをxml形式で取得し、その内容をローカルファイル「Publications.xml」に書き込むことができました。問題は、simplexml_load_file（ "Publications.xml"）を使用すると、失敗することです。理由がわからない。

最後の2行目でパーサーが失敗し、「できません」というメッセージが表示されます。xmlファイルを再確認しましたが、良好な状態であるように見えます。

誰かがこれの回避策について私に知らせてくれれば、私は非常に感謝します。上記のPHPスクリプトが読み取ろうとするxmlファイルのコピーは次のとおりです（http://pastebin.com/U0fEKmZL）：

Bio.Entrez を使用してタンパク質を検索する際に問題が発生しています。私はこれをやっています：

einfo() にも問題があります。これを確認してください。

タンパク質データベースがサポートされていないのはなぜですか? 誰かがこの問題で私を助けることができますか?

FASTAGI 番号のファイルがあり、ncbi から配列を取得したいと考えています。

このスクリプトは正常に実行されますが、いくつかのシーケンスの後、突然このエラー メッセージが表示されます。

もちろん使用できますhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrezが、パイプラインを作成しようとしており、自動化が必要です。

ncbiが「私を追い出す」のを防ぐにはどうすればよいですか

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ERX086768?report=FullXmlで提示された xml を取得しようとしていますが、少しトリッキーなため、サポートが提供されていません。目的は、xml を取得するために、xml を php に取得することです。

誰かがヒントを与えることができますか？

だから私はこの検索を持っていますhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Streptococcus+dysgalactiae+subspecies+equisimilisそして、xmlの文字列のように、（手動ではなく）RSSフィードを取得したい、しかし、私はphpを使用してそれをやりたいです。ncbiでメソッドを検索しようとしましたが、あまり得意ではないと思います..

href を html で検索する必要がありますか? または、ウェブサイトでRSSフィードを取得するようなものですか？