問題タブ [nextflow]

私が興味を持っている 2 つのファイル、hitsort.cls と contigs.fasta を生成するプロセスがあります。publishdir を使用してこれらを出力します。

ここで、これら 2 つのファイルを別のプロセスの入力にする必要がありますが、その方法がわかりません。

私はこのプロセスを

入力を次のように指定します。

ただし、フルパスの代わりにベース名のみが使用されるため、機能していません。基本的には、RUN_RE が終了するのを待ってから、出力された 2 つのファイルを次のプロセスに使用することです。

明確化を期待して、ここから再投稿します。

前もって感謝します。

私は NextFlow にまったく慣れていないので、この単純なことを行うこともドキュメントを見つけることもできないことに困惑しています。NF がチャネル指向であることは理解していますが、ファイル指向のケースを正しく処理できますか?

つまり、通常のケースがあるとします (別の議論から書き直したこの例を参照してください):

• プロセス A、ファイル a を作成します
• プロセス B、ファイル b を作成
• プロセス C は、a+b で何かを行い、c を作成します (たとえば、a と b を結合します)

ここで、ファイル a を削除します。A と C が再実行され、C が新しい a と既存の b を処理し、c を再作成することを期待しています。

そうは言っても、

• 通常の方法、つまりファイルを作業ディレクトリに入れる場合、必要なものが見つかるまでログとハッシュ名のディレクトリを探し回らなければならないため、作業ファイルの削除は容認できないほど困難です。a または b (または、それらのみ) を削除できることを期待していますtouch。
• storeDira が存在しない場合、ファイルの日付は完全に無視されますが、c は存在し、A は再実行されますが、C は再実行されず、古い c が保持されます。
• 最初のケースのように機能すると予想されるため、どちらも機能しないと思います（最終ステップでのみ使用できるpublishDirを除いて、ファイルは作業ディレクトリに残ります）。mode='move'

何かが足りないのでしょうか、それとも NF は上記のようなファイル指向のケースには適していないのでしょうか?

さらに、特定のプロセスまでのみパイプラインを実行する方法はありますか (たとえば、「A」を指定する)。

ディレクトリutilities.pyで呼び出されるpythonスクリプトを作成しました：bin/

で実行可能にしましchmod +xた。ワークフローのさまざまなプロセスで、いくつかのスクリプト ブロックでこれらの関数を使用したいと考えています。現在、ユーティリティモジュールから関数をインポートしようとすると:

次のエラーが表示されます。

この方法で独自のモジュールをインポートすることは可能ですか?