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input - Nextflowの新しいスクリプト/プロセスでファイルから抽出された値を使用するための適切な出力形式を探しています
件名: Nextflow の新しいスクリプト/プロセスでファイルから抽出された値を使用するための適切な出力形式を探しています
私はこれを理解できないようです：
Nextflow で、txt.file (PROCESS1) から値を抽出するいくつかのプロセスを作成しており、それを 2 番目のプロセス (PROCESS2) で使用したいと考えています。値の抽出は問題ありませんが、適切な出力形式を見つけることは困難です。問題は、stdout (OPTION1) をチャネルに保存すると、2 番目のスクリプトで問題を引き起こす何らかの "/n" が添付されているように見えることです。
または、これが機能していなかったため、PROCESS1 の出力をファイル (OPTION2) として保存したかったのです。これも問題ありませんが、PROCESS2 でファイルの内容を読み取る正しい方法が見つかりません。「getText()」と関係があると思われますが、いくつか試してみましたが、すべて失敗しました。
最後に、出力を変数 (OPTION3) として保存しようとしましたが、これを行う方法がわかりません。
プロセス1
プロセス2
オプション 1 の後の PROCESS2 の結果のスクリプト (備考: 出力 = 573、レイアウトは変更されません)
ご協力ありがとうございました！
perl - Nextflow で変数として使用するために .tab ファイルから文字列を取得する方法はありますか?
作成しようとしているパイプラインの一部として、Nextflow でさらに一連の条件付きプロセスを実行するための変数として使用する .tab 結果ファイルであるプロセスから出力を取得する必要があります。Nextflow スクリプトに変数を追加することはできないようですが、以下のような方法で Perl でこれを管理できます。
変数 $topidentity を取得して Nextflow の変数として使用する方法、または Nextflow で同様のスクリプトを実行して同じ変数を生成する別の方法はありますか?