問題タブ [nipype]

次の Singularity コンテナ レシピがあります。

次のように、Singularity を使用してコンテナーを作成します。

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依存関係のインストールとビルドの大部分は、エラーが発生するまで問題ありませんsource not found。問題と私が試したことを繰り返すには：

• レシピからNipypeイメージを構築しています。%post 内で、2 つの追加パッケージ (seaborn と pybids) を「neuro」conda 環境にインストールしたいと考えています。
• しかし、%post 内でニューロ環境をアクティブ化しようとすると ("source activate neuro")、コマンド "source" が見つからないというエラー メッセージが表示され続けます。
• %post のコマンドを bash で実行したいのですが、どこに指定すればよいかわかりません。

次のpython端末出力を提供するコマンド nipype.interface.afni.Warp があります。

「# mat44 Obliquity Transformation ::」行の下の下部にあるマトリックスをキャプチャして、それをファイルに書き込みたいと思います。私はすでにこれをbashで行っています。これは次のようになります。

ただし、代わりに python を使用して上記の bash コマンドを記述したいと考えています。

このブログ投稿の手順に従って、これを試しました：

しかし、入力すると次のp.communicate()ようになります。

Pythonでこれを機能させるにはどうすればよいですか? それともbashで実行したほうがいいですか？私が書いているスクリプトは、この行を何千回も使用するため、最も高速な (最も「pythonic」を意味すると仮定している) メソッドが何であれ.