問題タブ [nipype]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

0 投票する
1 に答える
575 参照

conda - Nipype Docker イメージから Singularity レシピをビルドする CommandNotFound

次の Singularity コンテナ レシピがあります。

次のように、Singularity を使用してコンテナーを作成します。

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依存関係のインストールとビルドの大部分は、エラーが発生するまで問題ありませんsource not found。問題と私が試したことを繰り返すには:

  • レシピからNipypeイメージを構築しています。%post 内で、2 つの追加パッケージ (seaborn と pybids) を「neuro」conda 環境にインストールしたいと考えています。
  • しかし、%post 内でニューロ環境をアクティブ化しようとすると ("source activate neuro")、コマンド "source" が見つからないというエラー メッセージが表示され続けます。
  • %post のコマンドを bash で実行したいのですが、どこに指定すればよいかわかりません。
0 投票する
1 に答える
68 参照

python - スクリプトの出力を検索し、サブセクションをファイルに保存する方法は?

次のpython端末出力を提供するコマンド nipype.interface.afni.Warp があります。

「# mat44 Obliquity Transformation ::」行の下の下部にあるマトリックスをキャプチャして、それをファイルに書き込みたいと思います。私はすでにこれをbashで行っています。これは次のようになります。

ただし、代わりに python を使用して上記の bash コマンドを記述したいと考えています。

このブログ投稿の手順に従って、これを試しました:

しかし、入力すると次のp.communicate()ようになります。

Pythonでこれを機能させるにはどうすればよいですか? それともbashで実行したほうがいいですか?私が書いているスクリプトは、この行を何千回も使用するため、最も高速な (最も「pythonic」を意味すると仮定している) メソッドが何であれ.