問題タブ [nipype]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
conda - Nipype Docker イメージから Singularity レシピをビルドする CommandNotFound
次の Singularity コンテナ レシピがあります。
次のように、Singularity を使用してコンテナーを作成します。
sudo singularity build swish.simg Singularity.swish
依存関係のインストールとビルドの大部分は、エラーが発生するまで問題ありませんsource not found
。問題と私が試したことを繰り返すには:
- レシピからNipypeイメージを構築しています。%post 内で、2 つの追加パッケージ (seaborn と pybids) を「neuro」conda 環境にインストールしたいと考えています。
- しかし、%post 内でニューロ環境をアクティブ化しようとすると ("source activate neuro")、コマンド "source" が見つからないというエラー メッセージが表示され続けます。
- %post のコマンドを bash で実行したいのですが、どこに指定すればよいかわかりません。
python - スクリプトの出力を検索し、サブセクションをファイルに保存する方法は?
次のpython端末出力を提供するコマンド nipype.interface.afni.Warp があります。
「# mat44 Obliquity Transformation ::」行の下の下部にあるマトリックスをキャプチャして、それをファイルに書き込みたいと思います。私はすでにこれをbashで行っています。これは次のようになります。
ただし、代わりに python を使用して上記の bash コマンドを記述したいと考えています。
このブログ投稿の手順に従って、これを試しました:
しかし、入力すると次のp.communicate()
ようになります。
Pythonでこれを機能させるにはどうすればよいですか? それともbashで実行したほうがいいですか?私が書いているスクリプトは、この行を何千回も使用するため、最も高速な (最も「pythonic」を意味すると仮定している) メソッドが何であれ.