問題タブ [phyloseq]
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r - colorRampPalette を使用した後、phyloseq オブジェクト内の特定の分類群に特定の色を割り当てる方法
取得したいカラー パレットを作成するのに R で問題があります... phyloseq オブジェクト (physeq と呼ばれる) の異なる門の分布を棒グラフでプロットしたいだけです。各門に色を割り当てるために (phyloseq オブジェクトをサブセット化した後に色が変わらないようにするため)、次の行を使用しました。
データセット全体に含まれる門の数を確認します。
28 色のランダムなカラー パレットを作成します。
1 つの門に 1 つの色を割り当てます。
ただし、「undetermined_Eukaryota」という門があり、色を黒くしたいと考えています。
同じパレットに入る解決策はありますか:
- 27 門のランダムなカラー パレット
と
- 門「undetermined_Eukaryota」の黒に固定された色
大変お世話になりました！
r - ツールsubset_taxaのエラーコード。dimnames(x) のエラー <- dn: 'dimnames' [1] の長さが配列の範囲と等しくありません
ライブラリ phyloseq を使用して .biom データを R に読み込みます。
必要なデータにサブセット化します。
次に、分類群によるサブセット化を試みます。
常にこのエラーが発生します。助けてください！？
r - カットリー グループ R の祖先ノードからツリーを取得する
私はツリーを持っており、cutree グループの祖先であるツリーの一部を取得したいと考えています。
cutree特定の数のグループを取得するために使用しています：
ツリーの左部分を取得するには? 基本的にこれtree2：
r - phyloseq オブジェクトの OTU テーブルをデータ フレームに強制することはできません
OTU テーブルを phyloseq オブジェクトからデータ フレームに変換して、それを使用して PICRUSt2 を実行できるようにする必要がありますが、データ フレームにas.data.frame(physeq@otu_table)はしません。私は試してみましたが、私が言うpie<-as.matrix(physeq@otu_table)と、データフレームのふりをすることさえありません:is.matrix(pie) #it says TRUEclass(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq"
phyloseq オブジェクトからミトコンドリアと葉緑体を削除する必要があったため、phyloseq オブジェクトに入れる前の asv_mat をそのまま使用することはできません。これは asv_mat に残ります。
前もって感謝します
phyloseq - Phyloseq: 相対量の otu テーブルとメタデータが一致しません
私は phyloseq に比較的慣れていないため、メタ分析用の siamcat R コードへの入力に適した相対存在量の otu-table を取得するのに苦労しています。
ここでエラー メッセージが表示されます: all(colnames(rel_table) == metadata$sample_id) is not TRUE and the following siamcat code is not working at all.
my metadata[1:5, 1:5]: sample_id absolute_filepath study experiment_acce… study_title
1 SRR8547628 $PWD/Chen_2020_da… Chen… SRX5349649 c の解剖… 2 SRR8547629 $PWD/Chen_2020_da… Chen… SRX5349648 c の解剖… 3 SRR8547630 $PWD/Chen_2020_da… SRX5349648 の解剖… 3 SRX79… Chen 4 SRR8547631 $PWD/Chen_2020_da… Chen… SRX5349646 c の解剖… 5 SRR8547632 $PWD/Chen_2020_da… Chen… SRX5349645 c の解剖…</p>
my rel-table[1:5, 1:5]: SRR5092146 SRR5092147 SRR5092148 SRR5092149 Phragmoplastophyta 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Vertebrata 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Apicomplexa 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Ascomycota 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Campilobacterota 0 0.2465222 0.01166882 0.004337051 SRR5092150 Phragmoplastophyta 0.00000000 Vertebrata 0.00000000 Apicomplexa 0.00000000 Ascomycota 0.00000000 Campilobacterota 0.02106281
nrow(metadata)= 154
ncol(rel_table)= 154
なぜ機能しないのですか？何週間も試しましたが、コードを正しく実行できません...
お時間をいただき、ありがとうございました。