問題タブ [pubmed]

PMID を入力として指定すると、 Bio.Entrezefetch()が PubMed 記事のすべてのメタデータを取得するかどうか疑問に思います。efetch()すべてのメタデータとは、PubMed が取得したものよりも多くのメタデータを持っているかどうかを意味します。

たとえば、 PMID については、 PubMed の Web サイト ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23954024 )の要約よりも少し少ない情報を含む要約を取得する23954024ことがわかります。efetch()

efetch():

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23954024 : 要約 目的: 回旋腱板腱障害は、一定割合の患者にとって持続性および/または再発性の問題を特徴とする肩痛の一般的な原因です。この研究の目的は、回旋腱板腱障害に対する通常の理学療法治療と比較して、自己管理負荷運動プログラムの有効性を評価するための実質的な研究を実施するために提案された方法をパイロットすることでした。

( 、OBJECTIVES、DESIGNなどがの要約SETTINGから欠落しています。)efetch()

不足している他のメタデータは何efetch()ですか? また、不足している情報をプログラムで取得する方法はありますか?

pmid を指定して、同様の公開記事を取得することは可能ですか。このリンクの例では、右側に同様の記事が表示されます。

R のrentrezパッケージを使用して PubMed を検索しており、関連性で並べ替えられた結果を取得したいと考えています。現在、発行日順に並んでいます。

pubmed.com から興味のある要約をダウンロードし、readabs() 関数を含む pubmed.mineR パッケージを使用してそれらを読みました。クラス「Abstracs」のオブジェクトを作成するはずですが、ls()と入力すると、文字(0)が返されます。searchabsL(Object,include="protein") を使ってアブストラクトを検索したいのですが、方法がわかりません。

Biopython を使用して Pubmed を検索し (コードは Biopython のドキュメントにあります)、各レコードの結果 (タイトル、著者、ソース) を Gtk.TextView に表示したいと考えています。コードは印刷されたときに機能しますが、TextView を使用しようとすると、最初のレコードのみが表示されます。なぜこれが当てはまるのか誰かが知っていれば、助けていただければ幸いです。

これが私がこれまでに得たものです...

ジャーナル名、日付、巻、号、ページ番号を使用して、Pubmed ID とタイトルを取得する R コードを作成しました。

ファイルには次のような行が含まれています

そして、私が望む出力は次のようなものです:

同様に、ファイル内のすべての行について

このためにRで書いたコードは

次のようなエラーが発生します。

どこが間違っているのか教えてください。

私はJEUtilsを使用して Java で Pubmed の結果を取得および解析しています (これは放棄されたように見えるツールです)。

数日前から、このツールは一部の結果で例外をスローしており、調べてみると、Pubmed は独自のDTD ( DTD ページの最初のもの) を尊重していないようです。

たとえば、この記事では、XML 結果を Format: XML で表示するか、ここで直接参照できます。次の要素が含まれています。

ただし、DTD によると、これらの要素には少なくとも 1 つのネストされた要素が必要です。

質問: 何かが足りないのでしょうか、それとも Pubmed が独自の DTD に準拠しない結果 XML を作成しているのでしょうか?