問題タブ [pubmed]

PubMedで検索ワードとして著者情報や論文情報を収集しています。パッケージ内を使用entrez_fetchして、著者名、発行年、およびその他の情報を正常に取得しています。rentrez以下は私のコード例です：

必要なすべての情報を取得したにもかかわらず、どの著者がどの PMID に属しているかを判断するのに問題があります。これは、PMID ごとに著者の長さが異なるためです。たとえば、私のコードのように 100 件の記事の著者情報を解析すると、100 を超える著者名が取得され、それぞれの PMID に関連付けることができません。全体として、次のような出力データ フレームが必要です。

このようにして、どの著者がどの PMID に関連付けられているかを知ることができ、さらなる分析に役立ちます。

念のため、これは私のコードの小さな例です。パッケージ内のXML解析を使用して、より多くの情報を収集しています。entrez_fetchrentrez

この問題は本当に私を悩ませており、助けや指導を本当に感謝しています. 事前にご協力いただきありがとうございます。

これは少し具体的な質問ですが、誰かが以前にこれを行ったに違いありません。pubmed から最新の論文を入手したいと思います。特定の主題に関する論文ではなく、それらすべてです。修正日（mdat）に応じてクエリを実行することを考えました。私は biopython.py を使用し、私のコードは次のようになります

ただし、これにより、論文はゼロになります。term='cancer' を追加すると、大量の論文が表示されます。したがって、クエリにはキーワードという用語が必要なようです...しかし、特定の主題に関する論文ではなく、すべての論文が必要です。これを行う方法はありますか？ありがとうカール

R を使用して PMID の長いリストを使用して PubMED にクエリを実行しています。PubMED にクエリを実行すると、各パブリケーションの XML ファイルから情報が抽出されます。私が最終的に持ちたいのは、次のようなものです。

各パブリケーションには一意の PMID がありますが、各 PMID には複数のパブリケーション タイプが関連付けられている場合があります (上記を参照)。XML ファイルから PMID 番号を照会でき、各 PMID のパブリケーション タイプを取得できます。私が問題を抱えているのは、PMID x の回数を繰り返して、各 PMID がそれぞれのパブリケーション タイプに関連付けられるようにすることです。複数のサブリストを持つリストにデータがない場合 (たとえば、それぞれが独自のデータ フレームとして 14 のバッチがある場合)、親 PublicationType ノードから子ノードの数を取得することで、これを行うことができます。しかし、リスト内でこれを行う方法がわかりません。

これまでの私のコードは次のとおりです。

トライアル1は私が問題を抱えているものです。これにより、各バッチ内に pub.type のベクトルと or.pmid のベクトルがありますが、長さが異なるリストが表示されます。

パブリケーションごとにいくつの子パブリケーション タイプがあるかを把握しようとしているので、PMID をその回数繰り返すことができます。私は現在、私が望むことをしない次のコードを使用しています:

残念ながら、これはパブリケーション (または pmid) ごとではなく、バッチごとの子ノードの総数を示しているだけです。

Python 3.5 では、 DOIに基づいてpubmedからいくつかの論文をダウンロードするために、 githubのこのリンクを使用しましたhttps://github.com/antiufo/scihub.py

最初にすべてのパッケージをインストールし、このクラスhttps://github.com/antiufo/scihub.py/blob/master/scihub/scihub.pyをプロジェクトにコピーした後、 scihub.py以外の新しいプロジェクトにコピーしました。以下のようなDOIによって紙をダウンロードおよびフェッチするためのSciHub クラスからオブジェクトが作成されました 。

このリンク: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28440475 DOI : 10.3892/or.2017.5600この論文をダウンロードしたい。

しかし、何も起こりませんでした。この問題を解決するにはどうすればよいですか?