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Biopython を使用して、データベースの更新ステータスを確認する方法はありますか?

私はこのようなことをしようとしています;

1. 私は100000の医学用語のリストを持っています

2. 7 月 1 日に、100000 語すべての ID リストを取得しました。

3. 今日 (7 月 3 日)、100000 用語のいずれかに新しい記事が追加されたかどうかを知りたいです。

それを行う 1 つの方法は、以下のようにプロセス全体を繰り返すことです (100000 語すべてを取得)。

今日のpubmedで更新された用語だけを見つける方法はありますか?

そして、自分の用語がその更新されたリストの一部である場合、100000 の用語すべてではなく、更新された用語を検索するだけで済みます。

次の標準コードを使用して、pubmed から特定のキーワード セットの ID を取得しようとしています。

一言で言えば、私がやろうとしているのは、各キーワードと同じ名前のフォルダーを作成し、フォルダー内にテキスト ファイルを作成し、コードを介して pubmed から ID を取得し、ID をテキスト ファイルに保存することです。私のプログラムは、最初にテストしたときは問題なく動作しましたが、数回試行した後、ターゲット マシンが積極的に接続エラーを拒否するようになりました。役に立つかもしれないいくつかの詳細、

ヘッダー情報

• ホスト = 'eutils.ncbi.nlm.nih.gov'
• 接続 = '閉じる'
• ユーザーエージェント = 'Python-urllib/2.7'

URL

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?term=%22inflammasome%22&retmax=10&db=pubmed&tool=biopython&email=ANOther%40example.com

ホスト= '127.0.0.1:13828'

この質問は、ポートがリッスンしていないという応答で何度も尋ねられていることを知っていますが、知りたいのは、これが私の問題でもある場合、この特定のポートでアプリケーションを動作させるにはどうすればよいかということです。すでにファイアウォールの設定に移動し、ポート 13828 を開いていますが、これ以上何をすればよいかわかりません。これが当てはまらない場合、解決策として考えられる回避策は何ですか?

ありがとう！

PubMed データベースでの検索を自動化するために python と twill を使用しようとしていますが、現在、1 つの検索を機能させるのに問題があります。私の基本コードは次のようになります。

それを実行すると、次の出力が得られます。

したがって、コードが検索用語を正しく入力していることはわかっていますが、送信すると機能しません。

そのため、間違って送信しているか、間違った送信ボックスを使用しています。検索するとマクロファージという用語がページに表示されることはわかっているので、送信ステップで何かが間違っています。どんな助けでも大歓迎です。「;lkjasdlfkjasd」などの不要なフレーズを試してみると、「アイテムが見つかりません」と予想されますが、それも表示されません。

pubmed 中央 xml ファイルを Web ページで html として表示したいと考えています。PubMed 中央 xml ファイルは次のようになります (xml サンプルの最初の部分):

simplexml_load_file を使用しようとしましたが、何も取得できませんでした (おそらく「記事....」で始まる最初の行のため)。最初の行を次のように変更したとき

simplexml_load_file は、コードの残りの部分で多くのエラーを発生させ、再び何もロードされません。

次のことも試しましたが、何も起こりませんでした：

出来ますか？

RefManageR と PubMed ID (pmids) を使用して、PubMed から引用情報を取得しようとしています。

RefManageR を選択したのは、出力を data.frame 形式で貼り付けるのが非常に簡単だからです。そして私にとって、PubMed API を自分で理解して使用することは依然として困難です。

「PMIds の文字列」を入力として使用してデータを取得するコードを作成できました。

ただし、500 pmids から引用を取得したい場合は、PubMed サーバーで長いクエリを避ける必要があると思います。私の考えは、次のindex10ように、 vector 内のすべての要素をループする関数を作成することです。

次のエラーが発生しますError : Internal server error。

ただし、 (ベクター)indice10の代わりに (文字列)を挿入すると、次のように機能します。index10

このループを機能させるにはどうすればよいですか? それとも、このアプローチは私の目的には最適ではないでしょうか?

関連する遺伝子の DNA 配列を (最終的に) 検索するために、pubmed データベースの検索で遺伝子シンボル (以下では t という名前) のリストを使用したいと考えています。検索を人間のみに制限したいのですが、現在のコードでは人間以外の生物が表示されます。

誰かが私が間違っているところを見ることができますか?

公開された記事の要約をすべて簡単にダウンロードする方法を知っている人はいますか? 私はテキストマイニングプロジェクトに取り組んでいます。

私が見つけることができる最も近いものは、pmid を指定して一度に 1 つの要約をダウンロードできますが、一度に 1 つずつダウンロードする必要があるため、私の目的には遅すぎます。

私は今日、直接carrot2を使い始めました（@note2の一部として以前に使用した経験があります）。

http://search.carrot2.orgまたはワークベンチ アプリケーションを使用して、Web とウィキペディアを検索できます。

公開されたソースを検索すると、次のエラーが表示されます。

それらは一時的またはバージョンに依存する可能性がありますか? 他の誰かが、キャロット 2 を使用して公開レコードの検索とクラスタリングに成功していますか?