問題タブ [pymol]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
python - pymol/python でエラーを渡すにはどうすればよいですか?
pymolコマンドcmd.get_distanceを呼び出すpythonスクリプトを使用して、pymol内のタンパク質の残基間の距離を見つけようとしています。ただし、複数のアトム割り当てが存在する場合があり、エラーが発生します。
この問題があるサイトをスキップしたいので、try/pass を使用しようとしています:
ただし、そのようなエラーメッセージはありません。
このエラーを渡すように指示するにはどうすればよいですか? エラーは GetDistance-Error ではないでしょうか。
python - PyMOLでは、「resi」選択を変数で機能させるにはどうすればよいですか?
タンパク質の残基 (10 番目の残基としましょう) を選択したい場合、PyMOL スクリプトを作成するときに、次のコードを使用して変数 "pep" に割り当てることができます。
ただし、選択範囲の数値の代わりに定義済みの変数を使用しようとすると、選択範囲にアトムが割り当てられません。
エラーは返されず、アトムは選択に割り当てられません。変数を文字列と整数として型キャストしようとしましたが、どちらも機能しませんでした。aprint ステートメントや追加など、他の場所で変数を使用すると、完全に正常に機能します。変数で選択を機能させる方法を知っている人はいますか? resiこれを使用して、収集したデータに基づいてアミノ酸に異なる色を付けようとしていますが、新しいデータセットを分析するたびに残基をハードコーディングしたくありません.
pymol - コンソール/スクリプトでPyMOLに原子間の結合を描画させる方法は?
PyMOL スクリプトで、特定の構造 (すべてのパラジウム原子間、またはすべてのパラジウム原子と硫黄原子の間など) の結合を自動的に描画したいと考えています。
コマンドで手動でこれを行うことができますbondが、アトムの識別子を知る必要があります。
- 必要なすべての結合を一度に作成するにはどうすればよいですか?
- 原子間の距離が特定のカットオフ半径内にある場合にのみ、結合が作成される場合にも役立ちます。
macos - PyMOL の履歴を長くする
私は MacPyMOL でいくつかの操作を行っていますが、コマンド ライン履歴の標準の長さは私のニーズに対して短すぎます。増やす方法誰か知りませんか？
bash - Bash スクリプトを介して Pymol コンソール コマンドを実行する
bash スクリプトを使用して pymol コンソールでコマンドを実行したいのですが、どうすればよいですか? 以下は私のコードですが、機能していません。
python - PyMol: Python を介して構造に破線を追加する
Pymol を使用して、分子表現用の pdb ファイルをロードしています。PyMol python ライブラリを使用して、シリンダーをcgo(コンパイルされたグラフィックス) オブジェクトとして作成しています。
コード例は次のとおりです。
この python スクリプトを実行した後、PyMol は次の表現で開きます。
上の画像では、プロテイン リボン (緑) が pdb ファイルから読み込まれ、シリンダー (白) がcgoシリンダー オブジェクトです。
私が欲しいのは、表現に破線を追加するスクリプトを作成できるようにすることですが、破線の場合はないようですcgo。最悪のシナリオでは、同じ「レイ」上に多数の円柱をスクリプト化し、それを破線と呼ぶ必要があることがわかりましたが、明らかに簡単な方法を好むでしょう。
PyMol python スクリプトを使用して破線を表す方法はありますか?