問題タブ [qiime]

私はtrnL葉緑体遺伝子を使用して草食動物の糞から植物を識別しており、現在、イルミナの出力からtrnL配列に分類法を割り当てようとしています。実行したいQIIMEスクリプトとオプションは次のとおりです。

データ パイプラインからの入力ファイルと、NCBI GenBank (205,703 シーケンス) からの参照ファイルがあります。しかし、タブ区切りの分類テキスト ファイルがありません。通常は Excel から生成しますが、FASTA ファイルは非常に大きい (500 MB 以上) ため、Excel で完全に表示することはできず、確実に編集することはできません。

私の質問は、参照 FASTA ファイルから独自のタブ区切りの分類法ファイルを生成するためのコマンド ライン メソッドがあるかどうかです。そうでない場合、「assign_taxonomy.py」QIIME スクリプトでこの必須オプションを処理するための他のオプションは何ですか?

ねえ、

QIIMEからのシステムコールで呼び出そうとするとR、つまり

R応答を停止します。ただし、他のコマンド ライン プログラムでは問題ありません。

特定のプログラムをR経由で呼び出すことはできませんsystem2()か?

MacQIIME バージョン: MacQIIME 1.8.0-20140103

MacQIIME 環境変数を取得しています...

これは、デフォルトの python が DIFFERENT (/macqiime/bin/python) であり、PATH に他の新しい QIIME 関連のものがあることを除いて、通常の端末シェルと同じです。

(私は主にwhichQIIMEを呼び出すことにも関心があることに注意してください。ただし、問題が関連していると強く思います)R Markdownengine = "sh"

2 つの OTU テーブル (基本的に存在量マトリックス) に基づいて、cor.test を実行しようとすると問題が発生します。

8 つの異なるサンプリング スポット (列 1 から 44) を含むテーブルがあり、各サンプリング スポットについて、変数 (VARIABLE1、最初の行) と一連の種の存在 (行の OTU) を測定しました。以下に、これらの OTU テーブルがどのように見えるかの例を示します。

サンプル 1 ～ 8 は列です

これらのテーブルを 2 つ .biom 形式で持っています。対になったサンプル間のスピアマンの相関係数 (R) を計算したい (例: sample1(OTU テーブル 1) 対 sample1(OTU テーブル 2); sample2(OTU テーブル 1) 対 sample2(OTU テーブル 2) など)各OTU用。約 100 のサンプルと 4000 OTU の豊富なデータがあります。したがって、4000 OTU ごとに 44 ペアのデータの相関係数を計算したいと思います。したがって、基本的には、サンプルごとに 1 回 ~4k の長さのベクトルを相関させるだけです。

最後に、各サンプルの 4k の長さのベクトルの相関の平均を取り、これらの平均を散布図にプロットします。

私の豊富なデータはすべてこの .biom 形式であることを覚えておいてください! 操作しやすいように、すべてを .txt に変換しました。

再度、感謝します！！

これがどのように見えるかの例は次のとおりです。

サンプルデータは次のとおりです。

OTU テーブル 1: https://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUl8SCetQdYE8S3CA

OTU テーブル 2: https://1drv.ms/u/s!Ah_Q0DzXKdX-gZUnaIwEIJiYMnrQIA

非常に大きな OTU (豊富な) テーブルがあります。100 を超えるサンプルと、サンプルあたり 4000 の観測値 (4000 分類群) があります。

OTU テーブルの例を次に示します。

このテーブルを長い形式で取得したいので、別のテーブルのサンプル間でペアごとのテストを実行できます。カウント データのみに関心がありますが、サンプルが 2 つに属し、それぞれの OTU に属している場合は、それを取得しますが、必須ではありません。データは次のようになります。

私のスクリプトは動作しているように見えますが、まだ実行されている NO id variable エラー メッセージが表示されます。誰かがそれを修正する方法を知っているなら、私はそれを大いに感謝します.

助けてください！

こんにちは、このスクリプトを作成して、silva データベースを使用して qiime から取得した OTU ファイルからすべての門を抽出しました。サブルーチンを追加して、重複する分類群を排除し、すべての冗長 (各分類群の 1 つ) を抽出しました。私の問題は、las 行を取得することです。 (1 つの分類群のみ)

qiime 分析から取得した 2 つの形式があります。1 つは silva データベースから取得し、もう 1 つは GreenGenes から取得しました。これらのファイルの違いは、silva ファイルには分類群ごとにプログレッシブ D_number (kingdom= D_0__、phylum= D_1__、clase= D_2__ など) があり、GreenGenes ファイルには各分類群に文字 (kingdom= K__、phylum= p__) があることです。 、clase= c__ など)

そこで、Perl で 2 つのスクリプト (Silva 用と GreenGenes 用) を作成し、各分類群を個別のファイルに抽出しました。

両方の形式の一致セクションにコードを組み込もうとしています。つまり:

16 行目では、次のような 2 つのオプションが必要です。

まあ、それがうまくいかないことはわかっています

では、正規表現の一致のために同じ行に2つ以上のオプションを追加するにはどうすればよいですか??

これはスクリプトの一部です (オプションは 6 つあり、Kingdom オプションを記述しただけです !!):

ありがとう