問題タブ [qsub]

コンテンツを含むqsubジョブであるシェルスクリプトfoo.shがあります：

2 つの引数を渡したいと思います。qsub foo.sh ab を呼び出すと、最初の引数が正しく処理され、コマンド ラインに「a」としてエコーされます。しかし、「#$ -N」で始まる 2 番目のケースで引数を渡す方法がわかりません。この場合、$2 は 'b' に評価されませんが、実際には '$2' が設定されます。助けていただければ幸いです。

私はqsubスクリプトを持っています

問題は、すべてのエラーファイルと出力ファイル（job1.eJOBIDとjob1.oJOBID）を、qsub submit_job.shを実行している場所と同じディレクトリに配置し、これらのファイル（出力ファイルとエラーログファイルを同じ異なる場所に保存する）を保存することです。場所（$ SEED_outputとして指定）行を次のように変更しようとしました

しかし、それはうまくいきませんでした。なにか提案を ？？デフォルトの出力とエラーログファイルのパスと名前を指定するにはどうすればよいですか？

スクリプトの実行を開始するとします。実行中にそのファイルを変更するとどうなりますか？MATLABがファイルのコピーを取り、それを実行し始めたようです。私は自分が正しいことを確認したいと思います。そうは言っても、クラスター上でさまざまなパラメーターを使用してMATLABスクリプトを実行したいと思います。その1つのファイルに変更を加えると、正しく機能しますか？または、ファイルの複数のコピーを自分で作成する必要がありますか？

qsub を使用してバッチ ジョブを送信する場合、特定のノードを (ホスト名で) 除外する方法はありますか?

何かのようなもの

私の仕事に関連しています（ここではadjacency_listでジェネリック型を使用しています）私は今、次のことを行う単純なコードの実行をテストしています：

• boost-mpi環境を初期化します
• ファイルから分散adjacency_listにグラフをロードします
• 最後に、各マシンで2つの簡単な操作を実行します。エッジの数をカウントし、クラスタリング係数を計算します。

コードは次のとおりです。

結果は次のとおりです。

一方、1台のマシンのみでの実行は完全に機能します。

私の家庭教師と私は、これは一方のマシンが終了し、もう一方のマシンがまだ操作を実行しているためである可能性があると考えたので、同期とバリアを追加します（実際には両方の違いがわからないため、同じものでいくつかの組み合わせをテストしました結果）。

残りのコード（Common.h、GraphFileReader、またはGraphNeighbors）が必要な場合は、巨大な投稿を避けるために、コードをアップロードしてここにリンクを投稿することができます。

qsub を使用して一連のジョブを送信すると、qsub は最初に .bash_profile をソースします。では、最初に source .bash_profile なしでジョブを qsub するにはどうすればよいですか。

qsubを使用してキューに送信されたPythonコードを実行するSGEスクリプトがあります。Pythonスクリプトには、いくつかの印刷ステートメントがあります（プログラムの進行状況を更新しています）。コマンド ラインから python スクリプトを実行すると、print ステートメントが stdout に送信されます。sge スクリプトでは、-o オプションを使用して出力をファイルにリダイレクトします。ただし、スクリプトは、python スクリプトの実行が完了した後にのみこれらをファイルに送信するようです。(a) プログラムでリアルタイムの更新を表示できなくなり、(b) ジョブが正しく終了しない場合 (たとえば、ジョブがキューから開始された場合)、更新がまったく印刷されないため、これは面倒です。最後にすべてをまとめるのではなく、何かを印刷するたびにスクリプトがファイルに書き込んでいることを確認するにはどうすればよいですか?

ジョブを送信する前に、パラメーターを .pbs スクリプトに直接渡す方法はありますか? 異なる番号で示されるファイルのリストをループし、スクリプトを適用して各ファイルを分析する必要があります。

私が思いついた最高のものは次のとおりです。

ここで、pass_test.pbs は次のスクリプトです。

でも、これはちょっとイマイチな気がします。特に、これを処理するために環境変数を作成する必要はありません。

私は次のシェルスクリプトを持っています：

自分のコマンドラインから実行すると正常に動作しますが、実行しようとすると次のようになります。

次のエラーが発生します。

qsubを使用しているときにこのエラーが発生する理由はわかりませんが、同じクラスターマシンでスクリプトを直接実行している場合はわかりません。qsubを使用してスクリプトを実行するにはどうすればよいですか？