問題タブ [qsub]

QSub を使用して Bash スクリプトに変数を渡す際に問題が発生しています。

example という名前の Bash スクリプトがあるとします。例の形式は次のとおりです。

したがって、ターミナルで「bash example.sh this is a test」を実行すると (それが役立つ場合は Ubuntu 12.04.3 LTS を使用しています)、「this is a test」という出力が生成されます。

ただし、「qsub -v this,is,a,test example.sh」と入力すると、何も出力されません。QSub が生成する出力ファイルを確認しましたが、「これはテストです」という行がどこにも見つかりません。

どんな助けでも大歓迎です。

ありがとうございました。

PBS ファイルで for ループを並列化することはできますか?

以下は私の試行.pbsファイルです。4 つのノードを割り当て、同時にノードごとに 16 のプロセスを割り当てたいと考えています。これは正常に完了しましたが、現在 4 つのジョブがあり、各ノードに 1 つのジョブを送信したいと考えています。(アルゴをキューに入れると、使用しているクラスターで 4 つの個別のジョブを送信するのに数日待たされるため、これを行う必要があります)

ジョブは独立して実行され、同じデータを使用しません。同じ pbs スクリプトからノードごとに 1 つのジョブを実行できますか?

ありがとうございました。

私は、スーパーコンピューティング クラスターを使用している多くのユーザーの 1 人です。端末に電話qdel allするUbuntuと、全員の仕事が殺されますか、それとも私の仕事だけが殺されますか?

20 ノードのクラスター内の特定のノードでコードを実行する必要があります。クラスターは Cent OS で実行されます。ubuntu 12.04からssh接続しています。training.py という Python スクリプトを実行する必要があります。複数のバージョンの python がインストールされています (2.4、2.7、3.2)。Linux初心者なので、次の疑問があります。

qrsh コマンドの場合:

1. コードを実行する特定のノードを選択する方法は?
2. システムがデフォルトで 2.4 を実行している場合、Python バージョン 2.7 を選択する方法。

qsub コマンドの場合

1. スクリプトを使用してジョブを送信する方法。私はスクリプトを書くのが初めてです。チュートリアルを提案してください。しかし今のところ、training.py をキューに入れる単純なスクリプトが非常に役に立ちます。
2. スクリプトでは、実行する python のバージョンについて言及する必要があります。
3. 異なる値が training.py に渡されるときに、parameters.py と training.py を複数回連続して呼び出す実験を設計したいと考えています。どうやってやるの ？

前もって感謝します ？

プログラムを bash for ループでコンパイルしたい。コマンドラインからプログラムを実行するとコンパイルされますが、qsub を使用するとコンパイルされません。

足りないものはありますか？

よろしく、

ジョン

バッシュファイル

メイクファイル

を通じてR呼び出されるスクリプトを実行しようとしています。私のスクリプトは次のとおりです。test.rqsubR

Ubuntu ターミナルで と入力R CMD BATCH test.rすると、スクリプトは計画どおりに動作します。test.csv同じディレクトリにエクスポートされます。

ただし、というbashスクリプトを作成testbash.shし、コマンドで実行するとqsub testbash.sh; エラーなしで実行されますが、出力はありません。

これを修正する方法は？

1 つのジョブを送信する前に、1 つのノードのステータスを照会し、ノードが空いている場合はそれをノードに送信できますか。そうでない場合は、ジョブを別の空きノードに送信します。他のジョブと共有するのではなく、ノード全体でジョブを実行したい。何か方法はありますか？

qsub を使用してスケジュールされた、64 ノードの Sun Grid Engine クラスタのすべてのアクティブ ノードでジョブを実行したいと考えています。現在、同じために配列ジョブ変数を使用していますが、プログラムが同じノードで複数回スケジュールされることがあります。

すべてのノードで並行して、ノードごとに 1 つのジョブのみをスケジュールすることは可能ですか?