問題タブ [qsub]

PBS キューを使用しています。ジョブを送信するとすぐに終了ステータスになるキューがあり、利用可能な出力/エラー ファイルがありません (do.sh.exxxxxxxxx と do.sh.oxxxxxxx はありません)。

Python を使用して一連のジョブを送信すると、ジョブの一部が数秒間 R 状態になり、その後終了状態になります。R 状態に入った人には、出力/エラー ファイルがあります。

エラーファイルが表示されます

tput: No value for $TERM and no -T specified /var/spool/torque/mom_priv/jobs/9282194.redwood.speech.cs.cmu.edu.SC: Command not found.

他の人が喜んでジョブを送信しているので、キュー自体は問題ないはずですが、ジョブすら送信できません。私が使用するスクリプトは他のマシンでも使用できるので、スクリプトは問題ないと思います。提出できない特定のマシンがある理由がわかりません。

この投稿を読んでくれてありがとう、本当に助けてくれてありがとう。

非常に単純なzshスクリプトを使用すると、次のようになります。

$SGE_TASK_IDsun-grid エンジンのタスク ID です。qsub を使用して一連のジョブを送信しています。

qsub マンページ ( http://www.clusterresources.com/torquedocs/commands/qsub.shtml#t ) でアドバイスされていることに従い、配列ジョブを次のように送信しています。

$SGE_TASK_ID は、この配列ジョブに設定されていません...誰にも理由がありますか?

ありがとう！

私は現在、Intel の ManyCore Testing Lab コンピューターで OpenMP 並列プログラムをテストしており、これを使用しています。

ジョブを追加して実行します。プログラムからの出力を myjob.o123456 というファイル (番号はジョブ ID によって異なります) に入れますが、ジョブの実行中にコンソールに出力して、進行状況を把握できるようにしたいと考えています。私のプログラムは作っています。誰もこれを行う方法を知っていますか?

ジョブを繰り返しqsubする方法は?

変数 i=2:10 とします。各 i に対して、「tmp.r」を実行し、次の i に進む前に 10 秒間一時停止します。私のスクリプト名は test.pbs です。私はこれを試しました：

しかし、この送信されたジョブはすぐに返されます..

これを Cray XE6 で実行したいと思います。私の R コードはトラバーサル アルゴリズムを使用しているため、ジョブを繰り返し送信すると効率が向上します。

これをbashまたはpythonで行う方法はありますか？

ありがとう！

2 つの Python スクリプトがあります。最初のスクリプトは、サードパーティの Python スクリプトを実行する必要がある 2 番目のスクリプトのテーブルを呼び出します。次のようになります。

ここでは、10 個のジョブをキューに送信しています。スクリプト 2 には、task_id に基づく case ステートメントがあります。それぞれで、異なるパラメーターを使用してサードパーティのスクリプトに同様の呼び出しを行います。

ここに私の疑問があります。どちらかを使用することに違いや利点はありますか? Windows では、サポートの問題により、一方を他方に使用すると大きな違いが生じることはわかっていますが、私は Linux を使用しており、これを Windows で実行するつもりはありません。サブプロセスを使用すると、非常に奇妙な結果が得られることがあります。3 番目のスクリプトを一度に 1 つずつ個別に実行すると、ネットワーク上で他のものを見つけることができません。

新しい計算クラスタをセットアップしようとしていますが、現在 SGE で qsub コマンドを使用するとエラーが発生します。問題を示す簡単な実験を次に示します。

test.sh

test.sh.eXX

test=hello: コマンドが見つかりません。

テスト: 未定義の変数。

test.sh.oXX

警告: tty にアクセスできません (不正なファイル記述子)。

したがって、このシェルにはジョブ制御がありません。

ヘッド ノード (sh test.sh) でスクリプトを実行すると、正しい出力が得られます。「qsub test.sh」と入力して、ジョブを SGE に送信します。

HPC などの確立されたコンピューティング クラスターでまったく同じスクリプト ジョブを同じ方法で送信すると、期待どおりに完全に機能します。この問題を引き起こしている可能性のある設定は何ですか?

この件についてご協力いただきありがとうございます。

パラメーター値の範囲を取る一連の qsub ジョブを送信しています。次のループを実行して、これらの複数のジョブを送信します。-v を介して特定のパラメーター値を qsub に渡します。ジョブ名もこれらのパラメーターの関数にしたいと思います。

run_file.sh には、プログラムを実行するための #PBS コマンドが含まれています。サーバーに送信すると、ループが正しく機能していることを示す次の出力が表示されます。

ただし、ジョブ名は最後のパラメーターでのみ表示されます

asの代わりに

ジョブ名に両方のパラメーターを含めるにはどうすればよいですか? 長さの問題ではないことを確認するために、ファイル名を短くしてみました。出力ファイルをチェックせずに、まだ実行中のファイルを追跡するために、名前を両方のパラメータとともに表示したいと考えています。助けてくれてありがとう。